理由一：主体不适格。在一般的政府信息公开申请中，申请政府信息公开需要提供申请人的主体资格证明，比如申请人的身份证、承包土地证、营业执照等相关材料。除了需要上述主体资格证明之外，根据《政府信息公开条例》的规定，申请者需要具备“生产、生活、科研等特殊需要”条件，才能申请政府信息公开。最高人民法院公开征求意见的有关审理政府信息公开案件的司法解释中，也要求“申请获取相关政府信息是否根据自身生产、生活。科研等特殊需要，由原告履行证明义务。”但是在实践过程中，存在着行政机关滥用上述规定拒绝信息公开的情形。

理由二：没有利害关系。近年来，随着公众权利意识日益增长，申请政府信息公开的数量也出现了猛增。其中，要求国土部门公开政府信息的申请占比较大，在此情形下往往要求申请人和所申请的信息具有利害关系。例如，王先生租赁门面店铺用于经营超市，在面临拆迁的过程中，王先生向当地国土部门申请相应的征地批复等材料。但是国土部门以申请人是承租人，不具有利害关系为由拒绝公开上述材料。幸运的是，经过律师的维权，当地国土部门向王先生公开了相应的信息。

理由三：不予答复。实践当中，某些政府部门处理申请公开信息时，存在“不回复”，即不拒绝，也不答复，而是采取置若罔闻的态度。当然，上述政府机关的行为，肯定是构成了行政不作为。因为大多数政府往往存在着侥幸心理，认为当事人不敢或者不愿去起诉政府机关，所以他们不答复也就无所谓。亦或者是申请的政府信息根本不存在，但行政机关却有着无法答复的“苦衷”。

理由四：涉嫌国家秘密。《政府信息公开条例》中明确规定，对于国家秘密，政府不能公开。因此，申请人如果申请的信息确为国家秘密，政府是不应当也不能公开的。对于此理由，政府机关是比较少用的。毕竟，确定一项信息是不是国家秘密，需要保密机关来确定。但是，实践当中还是存在着没有经过保密机关的认定，便以国家秘密为由拒绝公开的情形。

理由五：申请不明确。语言本身，存在着被理解的需要。而理解，由于立场不同，很容易产生歧义。对于申请人而言，可能已经非常明确、清晰地界定了所申请公开信息的内容，而有些行政机关却还是会以“所申请的信息不明确”为由，要求申请人补正或者拒绝提供。一个明显的例证是，申请人以承包的土地申请涉及土地的征地批复，但是行政机关却要求申请人明确申请征地批复的文件号，此种情况确属强人所难。

理由六：涉及第三方权益。《政府信息公开条例》规定，如果政府机关认为所申请的信息涉及企业商业秘密或者个人隐私，则应征求企业或者个人的意见，如果企业或者个人不同意公开，则政府机关就不予公开。实践中，这个理由是政府机关最常用的武器。只要是涉及到第三方的，哪怕只是涉及到第三方的名称和经营范围这种最基本、最公开的信息，政府机关也会“认为”其涉及第三方的权益，因而征求第三方意见，而第三方往往是不同意公开的，因此，其结果大多数是向申请人拒绝公开。