首先，根据规定，公司与员工协商解除的，经济补偿金不能低于法定标准，即根据工作年限，每满一年支付一个月经济补偿金，不满半年的支付半个月。

其次，协商解除的提出方会影响整个协议的走向，一般情况下，协议未明确是哪一方提出协商解除，则默认为公司方提出， 经济补偿金原则上要按照法律规定的标准来。如果是员工方提出协商解除，则参照员工个人原因提出离职，此时经济补偿金的给付不受法律限制。

第三，未明确是哪方提出协商解除的情况下，如果双方就低于法定的经济补偿金达成一致，能否有效，实践中是有争议的。有观点认为，双方即便达成一致，也不能违反强制性的法律规定，故与法定条款抵触的约定无效，公司应当依法补齐差额；也有观点认为，协议书双方协商一致的结果，应当予以尊重。如果公司能证明双方签订协议时不存在重大误解或者欺诈胁迫，则协议应当有效。比如明确比如员工已经知晓相关规定，愿意放弃相关权利以及双方再无争议等。