公司与员工签订离职协议，实际是有法律规定保护的：
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第十条规定，劳动者与用人单位就解除或者终止劳动合同办理相关手续、支付工资报酬、加班费、经济补偿或者赔偿金等达成的协议，不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫或者乘人之危情形的，应当认定有效。前款协议存在重大误解或者显失公平情形，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。
但是为什么出现有离职协议但仍然出现劳动纠纷问题，根据陈嘉律师的处理经验，主要出现以下几个问题：
1、公司在起草协议中，只针对某些劳动纠纷签订的协议，缺乏总体解决的法律意识。比如企业只是仅对经济补偿金达成了协议，但是没有考虑到未签订合同的双倍工资等问题，这样员工仍然可以提起劳动仲裁；
2、公司在起草的过程中，缺乏清洁条款。所谓清洁条款，其实就是让对方在签字之后，不能再次就本次协议后再次要求赔偿。但注意的是限制的双方的民事权利，而并非限制对方提起劳动仲裁的权利，否则该条款可能会认定为无效条款。
3、协议内容存在重大误解或者显示公平。本律师处理的比较多就是工伤协议，比如按照法律规定的需要赔偿10多万，但由于劳动者不知晓，或者公司故意误导，结果最终只赔付了很少的费用（比如2、3万），这种一旦劳动者提起劳动仲裁，协议非常可能因显示公平被撤销。
因此，广州公司应当签订离职协议时，注意上述的条款设定以防止二次劳动纠纷。
