应从原告自身在设立公司时的意思表示、原告出资款是否已经投入公司以及原告是否以股东身份参与了公司经营等角度来综合分析认定。根据《公司法》第三十二条的规定，工商行政管理部门对公司股东的登记本身并无创设股东的效力，其本质属于证权性登记，只具有对善意第三人宣示股东资格的证权功能。出资款一旦投入用于设立公司，即成为公司运营资金的一部分。

在本案中，从《协议书》来看，原告成为公司股东的意思表示明确，且公司另一股东对此均为明知且无异议，原告出资已经投入公司且参与公司经营管理，均表明原告在公司行使了股东权利。未办理工商股东登记并未否定原告的股东资格，亦不是退股请求返还出资款的法定理由。至于公司未办理股东登记，原告可依据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定(三)》第三十二条主张公司履行登记义务,故法院应驳回原告的诉讼，原告对此应另诉。

针对原告诉请：第一不具备解除协议的条件，不应退投资款；第二股东资格确认原告应另诉；第三公司尚未清算，是否应清算也应另案解决。