公司明知理亏还让员工去劳动仲裁主要有以下原因：

心存侥幸：觉得仲裁结果存在不确定性，万一员工证据准备不充分等情况出现，自己或许能胜诉。

拖延时间：想通过仲裁和诉讼流程耗费时间，给员工制造麻烦，让员工可能因耗不起而做出让步。有的无良公司甚至会玩金蝉脱壳，变更股东和法定代表人，甚至直接注销。

维护形象：对外不愿轻易妥协，担心开了轻易让步的先例，其他员工有样学样，后续处理类似问题不好办，所以走仲裁走流程显得是按规则来处理，让员工感受到维权的不易。

内部管理僵化：相关决策层或法务部门按既定流程办事，缺乏灵活处理的权限和意识，不管怎样都按常规让走仲裁和诉讼途径。

所以说，权利要去争取才能实现。法律不保护躺在权利上睡觉的人。当你的合法权益受到侵害时，应当勇敢地拿起法律武器。维权虽然有成本，但不维权，你该得的东西可能永远得不到。