一是合同效力问题。若挂靠协议违反《中华人民共和国道路运输条例》等强制性规定(如规避资质审查)，可能被认定无效。关键条款(责任划分、费用支付、保险义务)约定不清易引发纠纷。

二是交通事故责任。根据《中华人民共和国民法典》第一千一百二十二条及司法解释，被挂靠公司通常需对事故损害承担连带责任，即使其未实际参与运营。

三是挂靠公司债务风险。若公司涉诉，挂靠车辆可能被债权人申请保全或执行。

四是政策变动风险。行业资质审查趋严可能导致挂靠关系终止，车辆需重新合规化。

五是财务纠纷。例如：管理费拖欠、代缴税费争议、保险理赔分配等比较常见。