建设工程承包合同与转包合同仅具有事实上的牵连关系而非法律上的牵连关系，分属于独立合同。在当事人双方无特殊约定的情形下，转包合同的结算不以承包合同的结算为前提。实际施工人向承包人提交结算资料后，承包人理应在合理期间内审核并及时向实际施工人提出核定意见。承包人未对结算资料提出异议，而仅以发包人尚未与其结算作为抗辩事由的，应不予支持。即便在发包人与承包人、承包人与实际施工人的不同诉讼中可能会出现工程价款差异，但此种差异乃是两个合同事实牵连关系的体现，不能作为其具有法律牵连的理由。实际施工人提交的结算资料具有“水分”只是可能而非现实，且承包人可以通过审核结算资料挤掉“水分”，而不能将此项工作完全交由发包人处理。承包人长期怠于行使此项权利，造成的损失应由其自行承担。
一、承包合同与转包合同的关系
为规避法律和行政法规对工程施工资质和招投标程序的要求，建工市场中借用资质，层层违法转包、分包等现象较为普遍。在司法实践中，表现为围绕同一建设工程所形成的涉及发包人、承包人、次承包人、实际施工人所引起的多重法律关系，在合同关系上则对应为承包合同、转包合同以及总包合同、分包合同等。基于合同相对性原理，这些合同彼此相互独立应无疑义。但由于这些合同的内容均是针对同一建设工程的建设施工，甚至在结算条款、违约责任等具体合同条款上都高度一致，因而在事实上具有较强的牵连关系。在转包法律关系中，承包合同是转包合同产生的逻辑起点，没有承包则不存在转包。承包合同为规范的制式合同，权利义务较为清晰。转包合同往往较为简单粗陋，当事人的权利义务关系往往转引自承包合同，或者需要借助承包合同予以解释填补。另外，为了强化农民工等弱势群体的保护，原《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》、原《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》对实际施工人突破合同相对性向发包人主张权利作出规定。这些牵连关系，都使得大量涉及转包合同纠纷案件都不得不将承包合同的约定乃至履行情况作为考察因素。
其中，转包合同对承包合同条款的适用颇值得研究。当转包合同概括约定权利义务参照承包合同约定的情形时，对于反映合同本质的必要之点，如工程内容、工程价款（计价方式）、工程质量，转包合同没有约定或者约定不明的应当适用承包合同的约定，否则将可能导致合同不成立。对于虽不属于合同成立的必要之点，但为合同履行重要内容的，如合同工期，亦应当依据交易目的和诚信原则，原则上适用承包合同的约定，否则将导致合同难以履行。但对于不影响合同正常履行的特殊条款，如违约责任条款，或者原《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第六条规定的垫资条款、第二十条规定的发包人未在约定期限内答复则视为认可竣工结算文件的条款等，如转包合同未明确约定适用的，应当结合实际情况妥当考虑是否适用承包合同的上述约定，以免不当加重合同当事人的义务。
二、转包合同与承包合同应当以独立结算为原则
承包合同与转包合同分属独立合同。如前所述，在审理转包法律关系时对承包法律关系及其履行情况的考察，是基于查明案件事实、对转包合同约定进行合理解释和填补以及在特定情况下突破合同相对性让发包人对实际施工人承担责任的需求。没有上述事由的，则应当遵守合同相对性原则。承包合同是否实际履行、如何履行与转包合同的履行并无直接关联。除当事人另有约定外，承包人不能以发包人尚未与其结算作为对抗实际施工人向其主张工程价款的事由。如当事人之间存在此种约定，亦应当严格把握。一是须为明确意思表示，如转包合同明确约定合同结算应当以承包合同结算为前提的，自不必赘述；二是虽然没有明确意思表示，但可以通过合同条款推定隐含此种意思，如转包合同约定工程款结算应在承包合同实际结算金额的基础上扣除一定比例的管理费。于此种情形，若发包人未与承包人结算，则承包人与实际施工人的结算金额无法确定。至于其他约定，原则上不发生这一法律效果。
有观点从合同履行的情况出发，认为实际施工人以承包人名义制作结算资料的，即表明实际施工人同意受到承包合同结算的约束，使得转包合同与承包合同的结算产生事实和逻辑上的先后顺序关系。主审法官会议多数意见认为，此种理解缺乏理论的正当性。这是因为，实际施工人以承包人名义制作结算资料的动机可以做多种理解。既可能是规避承包合同关于禁止转包的约定，也可能是降低承包人另行编制结算资料成本，还有可能是某地区建筑市场的交易习惯。在可以作多种理解情形下，此种行为是否能当然作为实际施工人作出了受承包合同先行结算约束的承诺，值得怀疑。毕竟于实际施工人而言，工程竣工后依约向承包人主张工程款是当然的合同权利。如果为其戴上应以承包合同先行结算的“紧箍咒”，还应当有更加充分的理由和依据才为妥当。
另有观点从“一个工程不能存在两个价款”的事实逻辑出发，认为当转包合同与承包合同就工程价款约定相同时，如不等发包人与承包人先行结算而径行结算转包合同，则可能产生发包人与承包人之间、承包人与转包人之间工程价款数额不一致的问题。如果形成两案诉讼，则可能使生效判决发生矛盾。我们认为，为了避免此种情况的发生，在条件允许的情形下，理应尽可能在审理转包合同纠纷时追加发包人参加诉讼或将发包合同、转包合同纠纷案件一并审理，统一查清事实，明确责任。但另一方面，这样做的前提要求承包合同与转包合同关于工程款付款条件约定一致且付款条件均已成就，否则难有适用的空间。例如，在标的物为政府BT项目时，承包合同可能约定工程价款须经政府部门审计确定，此时工程款的付款周期较长，而转包合同则未必作此约定。基于此情形，如果为确保承包合同、转包合同工程价款完全一致而要求实际施工人必须等待发包人审计结论作出才能向承包人主张工程款，必然损害实际施工人的合同权利，实不足采。至于由此可能导致的“一个工程存在两个价款”，从事实角度看，乃是由于合同约定的工程款审核方式、付款条件存在不一致，或是诉讼中当事人举证能力强弱、诉讼策略不同等导致，应属客观真实与法律真实、法律真实与法律真实不一致，而不属于客观真实之间的不一致。从司法角度来看，这种不一致，既有可能是因时过境迁、认识能力的局限性、审判程序的时限性等原因导致的“无奈的不一致”，也有可能是追求特定的价值或者实现特定政策目标“有意的不一致”，而不能简单归为同一个工程在两个案件中价款相互矛盾的问题。况且，《民事诉讼法》第二百条（编者注：对应2023年修正的《民事诉讼法》第二百一十一条）明确将有新证据足以推翻原审判决作为申请再审法定事由，如果承包人在此后与发包人结算过程中发现了应当减免或扣除工程款的证据，仍可以依照法定程序申请再审维护自己的合法权益。
还有观点从日常生活经验出发，认为实际施工人提交的结算资料往往过分夸大工程款数额，如不等待发包合同的结算即就转包合同先行结算，很可能导致承包人负担价差损失。此种逻辑，难谓妥当。实际施工人提交结算资料后，承包人即应当在约定或适当期间内就该结算资料审核并提出意见。同时，承包人作为专业资质的建筑企业，亦具有相应的审核能力。即便承包人没有及时提出意见，实际施工人提起诉讼主张工程款时，承包人完全可以在诉讼中就结算资料与事实不符提出抗辩，由人民法院依法扣除不实的工程款，从而避免自己在最终与发包人结算中承担损失。如果承包人怠于行使抗辩的权利，只能承担不利的诉讼后果，而不能归结于承包合同未予先行结算。况且，正如前文所述，如果承包人在此后与发包人结算过程中发现了应当减免或扣除工程款的新证据，仍可以依照法定程序申请再审。
总而言之，依法主张工程价款是实际施工人享有的基本权利和核心权利，限制该项权利行使，必须存在极为充分的理由，并由主张限制者承担阐释该项理由的责任。
