在实践中，发、承包双方达成《结算协议》后,承包人起诉要求发包方支付工程款时，发包人常以结算与实际情况不符为由进行抗辩。
一、结算性质是法律行为而非事实行为为。
工程结算是结算双方当事人的合同行为，结算文件是当事人之间基于意思自治达成的合同。故结算行为应符合法律关于意思表示的调整规则，并接受法律行为效力的评判标准 ,要推翻已经达成的结算,则只能通过法律行为的无效、可撤销（欺诈、胁迫、重大误解、显示公平）等诉讼先否认结算协议的效力，之后才能重新结算。结算行为具有发承包方的意思表示，结算定案的金额系承包方主动追求的结果，且结算行为存在不同效力形态，有被认定为无效、可撤销的情形，这完全符合法律行为的概念内涵而非事实行为的概念。
二、结算具有终局性
由于结算协议性质系法律行为，而法律行为的核心在于意思表示，那么结算协议是否具有终局性的核心就在于，发承包双方达成结算协议的意思表示是否具有一揽子解决整个争议的法效，这直接决定一方当事人能否在达成结算协议后就工程质量、工期等问题主张违约金、索赔等。若当事人在结算时声明特别保留了相关事项，这意味着对保留事项并未体现“账清、人走的意思表示，则仍旧可以就保留事项主张权利。若错误确实导致了发承包双方利益失衡，达到显示公平的境地，则依旧可以行使撤销权，撤销原结算协议。综上所述，结算协议达成后在实践中很难以结算内容与事实不符予以推翻，若能举证证明结算协议存在无效或可撤销等事由，则可进行推翻，这亦是司法实践对民法诚实信用原则的坚持。
三、签署结算协议需要注意的事项。基于结算协议系法律行为且原则上具有终局性的特点，实践中法院一般会结算协议放在价款结算依据的位阶首位，对当事人价款的争议不再做具体审理。
无争议结算应注意结算的一揽子性。从司法实践中来看，终局性结算协议一般包括工程价款、垫资利息、奖罚款、违约金、索赔等与施工合同相关的全部债权债务关系。因此，承包方在签署结算协议时，为避免结算后的争议，在《结算审核汇总表》中除罗列分部分项工程的全部造价之外，还应尽可能的罗列垫资利息、奖罚款、违约金、索赔、甲供材、水电费、垫付以及代付等相关费用，还需将结算协议中各项明细加盖骑缝章，不能仅仅在《结算协议》上签字盖章或通过线上电子版的形式确认结算清单附件。此外，在《结算协议》中务必明确如下条款“本结算协议是在充分考虑本结算工程各种情况并做调整后得出的最终结论，双方均确认并接受此合同结算金额及所有内容, 不论双方出具的任何相关凭证与上述条款所确定的数额是否一致，双方均确认按本协议所确认的数额执行，不得就本结算协议签订前的相关文件主张对方违约或承担其它责任。”
带争议的结算需注意申明保留权利。由于结算实践中确实存在无法谈定的争议事项继而带争议出具结算定案表的情形，对于争议事项在签订结算协议需明确提出，若约定不明，则有被视为放弃权利的风险。对争议事项勿用笼统的表达XX事项存在争议金额XX元，而应在争议明细表中具体列明到底是计价争议或是计量争议，应重点关注工程量是否确认的问题，因工程项目实际由若干工程量构成，是结算计价的前提，只要事实存在，那么计价争议只是方法问题，同时还可以避免诉讼层面举证证明事实存在的问题，以避免诉累。
