城乡规划部门作出的违法建筑认定书应当明确合法建筑面积与违法建筑面积的数据。这些面积数据如何得来？主要是依据城乡规划部门掌握的证据以及行政相对人提供的材料、陈述和申辩。在实践中，一般是先测量涉案建筑的总面积，减去有合法依据的建筑面积，剩余即为违法建筑面积。一般来说，按以下文件来认定合法建筑面积：

1、按房屋所有权记载的建筑面积认定。若是已依法征为国有土地的原集体土地所建的房屋，以原所在地政府建房批复或者建设工程规划许可证、村镇工程建设许可证载明的建筑面积认定。如果实测面积小于建设工程规划许可证记载的面积时，以实测面积为准。

2、对主房有批复而附房没有批复或房屋和土地清理表中仅明确主房未明确附房（含附房面积不足）的，一般来说按一间主房可带一间附房的原则认定，附房面积每间最大不超过一定的平方米，且总附房面积最多不得超过一定的平方米。但实际房屋建筑面积不足可认定建筑面积的，按实际房屋建筑面积补偿。

3、以房屋所在地政府确定并出具的房屋和土地清理表认定。土地清理表上的数据只是客观记载当时清理时的情况，并不具有法律效力，可以作为一个参考。

4、在无其他批准手续等情况下，按房屋占地面积不得超过合法宅基地面积的百分比的一定层楼房屋计算。各省市对可以建多大面积的房屋有不同的规定。如《江苏省土地管理条例》第三十四条规定：农村村民一户在农村只能拥有一处宅基地，其中房屋占地面积不得超过宅基地面积的百分之七十。
   5、在无其他批准手续等或者批准文件记载的数据不明确的情况下，有些地方可能按照房屋和土地清理表上记载的主房间数来认定最大合法宅基地面积，进而计算合法的建筑面积。

6、1990年前在合法用地范围内搭建的，且在1990年前航测图中有标示的房屋，可参照合法建筑予以认定。对于1990年前航测图未覆盖到区域，可由所在地政府出具证明。虽然说1990年前的房屋如果显示在航测图中可认定为合法建筑，但行政相对人应当对合法用地进行举证。1990年4月1日《中华人民共和国城市规划法》正式施行，所有建设活动应当取得审批，这是为什么1990年作为一个时间节点的重要原因。

1990年以前建造的房屋，有些年代久远，世代居住，客观上无法再提供建房和用地批准。城乡规划部门应在调查的基础上，尊重历史事实，凡因政策因素和历史原因无建房批复和用地依据的，应当按合法建筑面积进行认定。