虽然这一点公司法并未明确规定可由公司章程另行约定，但司法实践已经认可上述约定属于公司股东意思自治的范畴。
股东持有股权的比例一般与其实际出资比例一致，但有限责任公司的全体股东内部也可以约定不按实际出资比例持有股权，这样的约定并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现。如该约定是各方当事人的真实意思表示，且未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定，应属有效，股东按照约定持有的股权应当受到法律的保护。
《公司法》第34条规定：股东按照实缴的出资比例分取红利;公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
表决权可与出资比例不一致
《公司法》第42条规定：股东会会议由股东按照出资比例行使表决权;但是，公司章程另有规定的除外。
可通过公司章程限制股权转让时的剩余股东同意权、优先购买权
公司法规定，有限责任公司股权转让的场合，允许股东通过公司章程事先自由安排出让股东与剩余股东间二者的利益分配，这是为了减少法律对公司自治的干预。
《公司法》第71条规定：有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。
