行政协议产生纠纷，可以通过多种途径解决。

　　关于协商。在所有纠纷解决的途径中，协商是成本最低的一种方式。协商是行政协议在没有第三方的干预情况下，仅协议双方进行磋商协调。一方面行政机关既能付出最低成本，也能完成行政管理目标，另一方面，相对人作为独立经济个体，当然追求减损最大化。所以，协商时最为经济的一种争议解决方式。协商必须遵循自愿原则和平等原则。协议双方必须完全处于主观自愿，并且双方在协商中的地位和权利义务平等。有观点认为，协商只适用于合法成立但效力待定的行政协议。诚然，协商确实不能在无效的行政协议中适用，但在合法有效的行政协议产生纠纷的情况下，仍可以适用。例如在房屋征收补偿协议的履行过程中，对于被征收房屋房产证交付时间产生争议，而协议中未对此明确约定。其实，协商以其自愿的特征灵活应用于行政协议纠纷的解决中，如若通过协商，双方达不成一致意见，则协商结束，转而通过其他方式解决纠纷。所以，协商可以作为行政协议纠纷解决的一种途径。

　　关于调解。《行政诉讼法》第六十条第一款 规定了行政诉讼案件不适用调解的原则及其例外。依据行政机关作出行政行为是否享有自由裁量权，将行政行为分为有自由裁量权的行政行为和没有自由裁量权的行政行为。对于没有自由裁量权的行政行为提起的诉讼不适用调解原则，这是因为行政机关依法行使行政管理职权，代表国家行使职权，没有随意处分的权力。例如税务机关对某一企业征税，只能依照税法的规定，不能多征，也不能少征。 在实践中，行政机关尽管没有随意处分的权力，但享有自由裁量权的情况是普遍存在的。行政协议的缔结是双方合意的结果，对于行政机关来说，就是在行使自由裁量权。那么，《行政诉讼法》第六十条第一款就为行政协议纠纷解决适用调解原则提供了法律依据。同时，《行政诉讼法》第六十条第二款 确立了调解原则，即自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。这是为了规范行政诉讼中的调解。所以，调解适宜作为解决行政协议纠纷的一种途径，但是，行政机关行使行政优益权的是不适用调解的。这是“因为行政优益权具有明显的公法性质，是为了公共利益需要而具有的行政特权，是法律赋予的国家公权，不具有自由裁量的性质，行政机关一般不得自行处分。因此行政合同案件的调解并不适用于行政优益权的领域。”

　　关于仲裁。有观点提出，可以在行政协议纠纷解决途径中增加仲裁方式。其理由主要是行政协议具有合同性，是双方意思表示一致的结果，约定的内容产生纠纷是可以通过仲裁方式解决的。笔者不赞同这种观点，通过仲裁方式解决行政协议纠纷不适宜。首先，行政协议的性质是行政行为，具有行政性，是行政机关代表国家行使职权的一种方式，行政行为具有公法性，不能通过仲裁的方式变更行政行为。其次，行政协议签订的一方主体是行政机关，而仲裁机关虽是独立的组织机构，但作为独立第三方对行政协议纠纷进行裁决，欠缺权威性。第三，行政协议签订的目的是为了实现行政管理目标，实现公共利益，其内容涉及公共利益，具有宏观性。对涉及公共利益的内容进行裁决，仲裁机构不是合适的主体。

　　关于裁决和复议。行政裁决，一般指行政机关对民事纠纷作出裁决的行政行为。笔者认为，行政裁决不宜作为解决行政协议纠纷的方式。这是因为，行政裁决针对的是民事纠纷，而行政协议的性质是行政行为，其产生的纠纷实属是行政纠纷，显然不能适用行政裁决。试图通过行政机关作为解决纠纷的主体，适宜采取行政复议的方式。一方面，行政复议一般解决行政纠纷，这与行政协议纠纷的性质是相符合的。另一方面，行政复议机关是行政机关，无论是原级复议还是上级复议，其作为复议机关不仅能够解决行政协议纠纷，还能实现行政协议的目的，即实现一定的行政管理目标，更重要的是行政复议的决定具有权威性。

　　关于诉讼及其他途径。诉讼救济是保障当事人权益的最后一道防线。《行政诉讼法》及其解释中有关行政协议的规定为通过诉讼方式解决行政协议纠纷提供了法律依据。但行政诉讼作为解决协议纠纷途径具有单向性，那么，当相对人违约时，行政机关的救济出入在哪儿呢？有观点认为，基于行政协议的契约性，可以通过民事诉讼的方式解决。笔者认为这种观点是不可取的。行政协议作为行政行为具有公法性，产生的纠纷不是平等主体产生的纠纷，即不是普通的民事纠纷，不能通过民事诉讼的方式解决。现实中，行政机关往往通过非诉执行的方式救济。但是，“行政协议不能直接作为执行名义，但是可以通过转换为行政行为的方式，成为执行名义。” 按照《行政强制法》对于申请强制执行的规定，可以通过非诉执行方式解决相对人违约的问题。

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