张静律师解答：两次，一次是向房屋在地主管税务机关预缴增值税税款，再向公司所在地主管税务机关申报缴纳增值税。如下面这个案件，就是这样处理的。

判决书节选：

法院认为，麦某公司、周买家双方就涉案房屋签订的《广州市存量房买卖合同》合法有效。关于麦某公司本案诉请，根据合同约定，周买家作为买方承担本次交易的全部税费。涉案房屋产权原登记在作为公司的麦某公司名下，区别于出售房屋登记在个人名下的情形，本案中麦某公司主张就涉案房屋买卖事宜先后发生两次缴税，第一次发生在涉案房屋交易过户时所缴的预缴税费62819.07元（预缴增值税50954.52元+预缴附加税6114.55元+预缴印花税5750元），第二次发生在涉案房屋交易过户的次月申报企业税费时缴纳的税费合计1069236.27元，两者相抵后周买家应依约向其支付其垫付的税费1006417.2元（1069236.27元－62819.07元）。由于麦某公司本案诉请涉及税务专业问题，本院向天河税务局发函调查，天河税务局复函称“麦某公司转让其房屋，按照前述税收政策规定应先向不动产所在地主管税务机关预缴增值税税款，再向机构所在地主管税务机关申报缴纳增值税”，证实麦某公司转让涉案房屋先后两次缴税属实，且天河税务局的复函亦确认麦某公司所提供的相关完税证明的真实性。因此，根据双方合同约定及麦某公司举证，麦某公司要求周买家向其支付其垫付的税费1006417.2元及利息，有事实及法律依据，本院予以支持。