交通事故基本医疗保险支付的费用，不能抵消报销公司的责任。

根据《中华人民共和国民法典》第一千二百零八条的规定，“机动车交通事故造成损害的，依照道路交通安全法律和民法典规定承担赔偿责任。”本案中，原审被告马某在交通事故中负全部责任，应赔偿交通事故的受害方曹某甲合理损失。某某财险乌鲁木齐支公司作为事故车辆的承保单位，对马某的侵权后果在保险合同约定范围内承担保险赔偿责任。根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，“下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：....（二）应当由第三人负担的......”

受害人因交通事故产生的医疗费不应由基本医疗保险承担，基本医疗保险已支付的部分，应由相关单位进行核实处理，不能抵消保险公司的赔偿责任。