食品供应链的每一个环节都可能发生质量安全问题，其本质原因也是复杂多样的，为找到食品质量安全控制的薄弱点，需要建立一个能够同时判别问题发生的初始环节和本质原因的模型。本文根据中国食品供应链的实际情况并参考国内外研究建立中国食品质量安全的供应链环节—本质原因判别与定位模型，即食品质量安全SC（Supply Chain）—RC（Root Cause）判别与定位矩阵。
矩阵的第一个维度为食品供应链环节（SC），根据食品生产、流通与消费的各个阶段，可将食品供应链环节划分为5个环节，并细分为11个步骤（见表1）。
表1食品供应链环节 | ||
供应链环节 | 细分步骤 | 说明 |
农产品生产 （A） | 种植养殖（A1） 产品收获（A2） | 农作物种植、畜禽养殖、蛋奶生产和水产养殖等； 农产品成熟后的收集、存储与运输。 |
农产品初加工 （B） | 加工准备（B1） 初加工（B2） | 原材料的购进、分选与存储等初加工前的准备； 加热、定型、包装等农产品初步加工过程。 |
食品深加工 （C） | 加工准备（C1） 深加工（C2） | 生产原料、添加剂配方、机器调试等深加工前的准备； 一系列的化学处理，形成加工食品的过程。 |
流通与销售/餐饮 （D） | 销售准备（D1） 配送出售（D2） | 食品售前作为存货储存； 食品的陈列、配送与出售。 |
原料准备（D3） 餐饮提供（D4） | 餐饮备料； 消费者在餐饮提供场所进行消费的过程。 | |
消费（E） | 家庭消费（E1） | 购买食品在家庭中经过烹调食用或直接食用的过程。 |
矩阵的第二个维度为食品质量安全事件的本质原因（RC），发生于食品供应链不同环节的事件可能具有相同或相似的本质原因，可将这些本质原因分为4大类，12小类（见表2）。
表2 食品质量安全本质原因 | ||
本质原因 | 细分原因 | 说明 |
要素href="#_ftn1" [1]原因 （a） | 天然原料使用不当 （a1） 废料回收再利用 （a2） 使用不合格原料 （a3） 添加有害投入品 （a4） | 将含有天然毒素的动植物作为食品原料； 使用废弃物作为原料生产、加工或烹饪食品； 以劣质、非食用的原料作为食品加工原料； 使用违禁添加剂或其他有毒有害的物质。 |
行为原因 （b） | 加工程序不当 （b1） 要素施用量不当 （b2） 原料存储不当 （b3） 包装不当 （b4） | 未按照正规程序进行食品加工或烹饪； 要素用量不足或施用过量； 原材料隔离不当导致微生物污染； 包装材料、包装方式或标签书写不当。 |
卫生原因 （c） | 人员环境不卫生 （c1） 废弃物处置不当 （c2） | 人员卫生行为、环境卫生不符合标准； 废弃物没有按规定处理，重新进入食品流通领域。 |
其他原因 （d） | 成品储存环境不当 （d1） 自然环境污染 （d2） | 温度、湿度等成品存储环境不当； 自然环境污染造成的有害物质残留。 |
将上述的SC和RC作为矩阵的两个维度，可形成食品质量安全SC-RC判别与定位矩阵。该矩阵有助于判别单一食品质量安全事件的本质原因及问题形成的初始环节，并可通过归集大量食品质量安全的实证数据对关键问题点进行定位。
[1]要素是指食品生产或加工过程中投入的物质要素，包括基本原料、添加剂等，不包括信息、人力等其他生产要素。
实证分析结果表明，中国食品质量安全问题中较为突出的本质原因是要素施用量不当(b2-761)、人员环境不卫生(c1-356)、添加有害投入品(a4-208)、包装不当(b4-131)等四类原因，其中要素施用量不当是最主要的本质原因，其发生频次明显高于其他问题。
1.要素施用量不当原因分析
此类原因在农产品生产环节主要表现为农药、兽药、化肥等生产资料的过量施用;在农产品初加工和食品深加工环节，则表现为食品添加剂过量或不足。在统计中，此类食品质量安全本质原因数量明显高于其他原因，约占总频次的40%，是食品质量安全问题最主要的本质原因。对于形式正规的食品加工企业(如曾获国家免检产品称号的三鹿乳业)来说，在获得了社会认可之后，会存在偶尔违规不被发现的侥幸心理，由于产品已负盛名，偶尔的添加剂过量或不足不会引起人们的重视，其品牌及地位也不会被撼动，但是企业可以获得可观收益。另外，对于一些不规范的食品生产企业，现有的惩治力度并不足以让他们放弃实施不法行为，如果能够多次实施不法行为而不被发现，那么即便是被惩罚一次也还会有剩余收益，作为理性经济人，企业往往会选择实施不法行为(何坪华，凌远云等，2009)。
2.人员环境不卫生原因分析
很多食品在流通中都极容易受到流行性病菌的污染，如加工环节的卫生环境不达标，容易使食品在加工过程中受到污染，进而传播扩散;销售环节中卫生不达标，则可能使本来安全的食品遭受污染。卫生问题在统计中出现了356次，较为突出。企业进行预防性卫生投资的主要动力源于道德与效益约束，难于监管，加之目前消费者的购买力及高价产品市场有限，部分企业提供安全食品的收益不足以抵消其卫生成本，所以一旦企业无力承担该成本，便会降低进行卫生控制的努力程度(王志刚，2003)。同时，由于人体本身对病菌具有一定的抵抗能力，卫生问题只能形成风险，但不一定造成危害，相关部门对企业卫生问题的监管只是定时抽查的形式，在时间上并不连续，这也催生了企业疏于管理卫生问题的侥幸心理。
3.添加有害投入品原因分析
有害投入品在农产品生产环节表现为违禁高毒高残留农药、兽药的使用，在加工环节表现为违禁食品添加剂或工业助剂的使用，在销售环节多表现为违禁化学保鲜剂的使用。在统计中，此类原因导致的食品质量安全事件为208件。当企业不能通过规模经济来降低产品成本时，进行要素替代就成为其低成本实施手段之一。三聚氰胺、甲醛、苏丹红、瘦肉精、孔雀石绿等都是国家明令禁止在食品中使用的工业原料或药品，但一系列的事实表明，它们还是通过各种渠道进入了食品供应链。因此，必须全面清理这些有害物质的流入渠道，才有可能根除这类严重的食品安全隐患。
4.包装不当原因分析
食品包装直接接触食品，在原料和工艺上的安全性将直接影响食品质量，如果包装材料及密封程度不达标也可能造成食品的二次污染。另外，食品包装上的标签不按规定正确书写，会将消费者引入消费误区。在统计中，此类原因的事件共出现131次。在生产过程中，一些企业对包装材料把关不严，或者使用劣质、有毒的油墨、溶剂进行包装印刷，使本应作为食品安全保护屏障的食品包装物却成为新的污染源。另外一个重要的原因是，食品包装物的生产缺乏完善的国家标准，在监管上存在诸多漏洞。
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