2、我们由此也可以判断房屋买卖的合同效力：第一点就是合同主体要合法，签订合同的各方参与主体必须具备订立合同相适应的民事行为能力；第二点是行为人订立合同的意思表示要真实，必须是 出于自己的清晰认识、主动意愿；第三点就是合同的内容必须符合法律的规定，不得对社会公众利益造成损害。
而转让标的有瑕疵的合同并不当然无效。虽然建筑公司一直占有该大厦，但从该案件涉及的证据来看，尚未出现法律所禁止的现象；按照法律条款目的解释的理论，也就难以得出房屋买卖合同无效的当然结论。二是B公司是商铺所有权的转让方，在未能证明房屋买卖合同签定过程中存在无效的情况下，房屋所有权转让合同自应视为有效。司法实践中还应考虑到，房产资源具有稀缺性，房产所有权价格往往都有一定升幅。勉强认定房产所有权转让合同无效，不仅会背离“严守合同义务”的合同法准则，更会引发借司法裁判重新划分商业风险的危险情形。
本案中，建筑公司占有大厦虽出于正当的催讨施工款的目的，但施工款性质归于债权，而甲的所有权属于物权，根据法律原则：物权优于债权，建筑公司应当返还原物即商铺，而建筑公司并未如此做。
对于侵犯所有权的行为，所有权人可采取物上请求权的方式保护。物权人想取得物权的一种圆满的状态，拥有请求妨害人为或者不为一定行为的权利。包括：第一，他人无权限却占有物的所有权，妨害物权时，发生物权返还请求权；第二，以其他方式妨害物权的，发生妨害除去请求权；第三，妨害有发生之虞的，发生物权的妨害预防请求权。对
诉讼时效的起始时间为侵权发生之日，若侵权行为延续了一定时间，则诉讼时效自侵权行为结束之日起起算，本案中，建筑公司一直占有该房产，故侵权行为一直持续，并为超过诉讼时效。