对。原因如下：

一、单位规定上厕所的次数侵犯了员工的休息权

虽然在我国现行法律中，并没有关于企业不得制定涉及个人生理状况的制度的禁止性规定。企业出于管理需要，制定内部规章制度无可厚非。企业可以就职工在单位行为作出规范性规定，但是，我国劳动法第三条规定：“劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。”员工上厕所属于休息权的一部分，对人类来说，上厕所是一种短暂休息，放松身心的生理方式，限制员工上厕所的次数，侵犯了员工的休息权，员工甲的抗议是合理的。

二、单位规定员工的上厕所次数违反了《民法总则》中的禁止性规定，是无效的

同时，如果我们从民法的角度来看，单位规定上厕所的次数属于单位规章的一部分，而员工与单位签订的劳动合同中必然包括员工需遵守单位规章的相关规定，也就是说，员工需要服从包括限制上厕所在内的规章是基于劳动合同所产生的权利义务关系。而根据我国《民法总则》第八条规定：“民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。”上厕所是人类的正常生理需求，是人的基本权利和尊严之一。限制一个人每日上厕所的次数，违背一般生理规律，就是违反了民法上的公序良俗原则，由于合同上的权利义务导致出现了违反公序良俗的情形，我们可以认为合同部分内容违反了《民法总则》的禁止性规定，因此这种规定应当无效。