在实务中，发包人以承包人承建的项目工程，或发包人开发建设的其他工程抵扣工程款是常有之事，对此也经常发生纠纷，主要集中在以物抵债协议的效力、履行等问题上。

首先，针对以物抵债协议的效力。以物抵债协议本质上属于发承包双方对债务清偿的合意，应当以尊重当事人意思自治为基本原则。一般而言，除当事人另有约定外，当事人于债务清偿期限届满后签订的以物抵债协议，并不以债权人现实受领抵债物，或取得抵债物所有权、使用权等财产权利，为成立或者生效要件。只要当事人的意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即为有效。

其次，当事人于债务清偿期限届满后达成的以物抵债协议，在法律层面上可能会产生两种法律后果。一是构成债的更改，即成立新债务、同时消灭旧债务。具体而言，在达成此种以物抵债协议后，承包人无权再要求发包人支付抵偿的工程款，而是仅能依据以物抵债协议的约定要求发包人履行或是承担违约责任等。另一种是构成新债清偿，即创设新的债务清偿方式，与原债务清偿方式并存。具体而言，此时承包人在超过约定或者合理的期限后有权要求发包人按照以物抵债协议的约定履行，或是支付抵偿的工程款项。基于保护债权的理念，债的更改需要当事人明确具有消灭旧债的合意，否则应当认定为创设的新的债务清偿方式。

最后，在创设新的债务清偿方式的情形之下，旧债务于新债务履行完毕之前不消灭，旧债务和新债务处于衔接并存的状态。债务人按照以物抵债协议的约定全面履行义务之后，债务得以消灭。若新债务届期不履行，债权人有权请求债务人履行旧债务，且该请求权的行使，并不以以物抵债协议无效、被撤销或者被解除为前提。