股东资格确认纠纷是指股东与股东之间或者股东与公司之间就股东资格是否存在，或者具体的股权持有数额、比例等发生争议而引起的纠纷。
根据股东资格与股东权益的基本构成原理，我们认为核心规则应当是：待确认的投资者与公司之间形成“股权性出资”合意且有实际出资行为的，是确认其股东身份及股权的基础性依据。
故而对出资事实本身的确认及对出资性质的甄别是必将面对的抗辩情由。当事人之间对是否已履行出资义务发生争议的，一方提供对股东履行出资义务产生合理怀疑证据的，另一方股东就应当就其已履行出资义务承担举证责任；此外，主张股权确认的一方应对其“出资”的性质承担证明责任，公司或其他股东以“借款”等非出资性质抗辩的，应承担排除性举证责任。至于股东身份的确认与投资者是否在公司章程中签字，是否被记载于股东名册及是否完成了工商登记等外在表现形式，并无必然的制约关系。
在投资实践中，经常存在以下非理性的商事现象：一方当事人向另一方当事人提供资金后，由后者注册公司，但双方并未签订借款协议或股权代持协议，嗣后双方争夺股权发生纠纷。我们认为，应当严格把控相关证据的基础上谨慎区分债券投资关系和股权投资关系：1、有借款合同或其他证据足以认定为借款关系，则债务人只需向出资人还本付息即可；2、有委托代理协议、股权信托协议或其他证据足以认定出资人与用资人之间的委托代理关系或者股权信托关系，用资人作为名义股东，则应当将该出资取得的股权返还给出资人；3、若无证据证明是借款关系、委托代理关系或股权信托关系，则应当推定公司股东名册载明的当事人享有股东资格，即无法认定时仅认定出资人为债权人。所以作为上策，投资者应当在公司章程、股东协议、借款协议、股权信托协议或者委托代理协议中明确界定自己的股东地位，防范于未然。
一旦发生纠纷，待确认投资人应当以公司为被告。公司是人合和资合相结合的产物，虽然待确认投资人之股东身份的确认，存在障碍主要因素是公司的人合性问题，即公司多数股东或者控股股东拒绝认可待确认投资者的股东地位；但后者并非是适格的被诉主体，而是应当以公司本身为被告。因为在已设立的公司中谋求确认自身股东身份的，其投资法律关系直接指向的对象是公司而不是某类股东；不过可将案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。（六如树屋）