（1）保管义务
债券质权人对其占有的入质债券应尽善良管理人的注意予以保管。
（2）通知义务
债券质权的实现，取决于第三债务人的清偿，因而应当将债券质押的事实通知第三债务人，若未通知，则不具有对抗该第三债务人的效力，该第三债务人仍然可以向债券债权人付款，无须对债券质权人负担任何责任。只有这样，才能较为公正地平衡各方当事人的利益关系。由此导出债券质权人负有将债券质押的事实通知给第三债务人的义务。质权人怠于通知，第三债务人有权向债券债权人付款，除非能够证明该第三债务人为恶意。
需要注意，由于债券质权自债券交付或有关部门办理出质登记时设立，表明质权人将债券出质的事实通知第三债务人不是质权的生效要件，只是质权设立后于质权实行时请求第三债务人付款的条件。从第三债务人的角度观察，在质权人怠于通知时，第三债务人得以此向质权人为有关的抗辩，如在第三债务人已经向债券债权人付款时，其债务消灭，可以对抗质权人关于付款的请求。
债券质权人对第三债务人还负有另一通知义务，即，在主债务人不履行到期债务致使担保债权未获清偿时，债券质权人有义务通知第三债务人向自己付款。
（3）消除对债券债权的限制
在主债务人适当清偿担保债务、质权人放弃债券质权等事由导致质权消灭的情况下，质权人应当消除对债券债权的限制，如及时返还债券或及时办理注销登记等。
（4）赔偿损失
债券质权人对债券债权人承担损害赔偿责任的情况有如下二种：
1）在债券质权存续期间，未经出质人同意却转质，给债券债权人（出质人）造成损失的，债券质权人应当赔偿其损失（《物权法》第229条、第217条）。
2）债券质权人怠于行使质权，给债券债权人（出质人）造成损失的，应当赔偿其损失（《物权法》第229条、第220条第2款）。
（5）不当得利返还
债券质权的行使，超过了被担保债权的范围，就该超出部分构成不当得利，债券质权人应予返还。
