原告与被告签订《土地租赁协议》，该协议主要内容如下：1、李X以每年七千元整租赁雷X土地，租金一年一交，于每年4月15日至4月20日交纳；2、如遇国家集体征用土地或者天灾人祸，双方无条件解除协议，双方互不承担任何经济责任，李X在雷X土地上种植的各种树木花草自行处理，不准向雷X提出任何赔偿责任，如有双方子女干涉，不予采纳；3、李X租赁师姑庄村雷X土地长24米，宽10米。原告提出该《土地租赁协议》所约定的土地并非实际租赁的土地，并表示该《土地租赁协议》签订一个月后，被告便让原告搬到了另一块土地中。被告表示原告第一次去的地并非被告自己的承包土地，而实际租赁的土地系被告自己的承租地，被告对换地的事实不予认可，原告并未向本院提供与被告所签订的其他协议。原告表示其在承包土地上种了一百多棵果树、打了一口井、架了八根电线杆，被告认为原告所种的果树太小太细，不具备政府给付拆迁腾退补偿款的条件，被告同时表示原告所建的电线杆属于原告私自所拉，原告对此不认可。

另查，原告实际租赁的土地于2018年9月被政府腾退，原告自2015年3月27日起至承包地被拆迁腾退之时按照每年7000元的标准向被告交纳租金。被告认可多收原告3500元租金的事实，并同意退还3500元租金。

调取《潮白河森林生态景观带建设工程（一期）工程项目集体土地非住宅地上物、树木及青苗腾退补偿协议》（以下简称《腾退补偿协议》）及《潮白河森林生态景观带建设工程（一期）地上物腾退估价结果报告》（以下简称《估价结果报告》），《估价结果报告》还附了通知单列明了地上物补偿的数量、价格及金额，《估价结果报告》及后附的通知单中没有果树、电线杆及水井的补偿项目和补偿金额。

当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。本案中，原告主张被告应当退还其3500元租金，被告当庭表示认可，本院不持异议。原告主张被告支付原告地上物补偿款，对此原告并未向本院提供充足的证据证明原告所种的果树、所建的电线杆和井获得了政府的地上物腾退补偿款，本院调取了《腾退补偿协议》和《估价结果报告》，也无法查明存在原告所主张的腾退补偿款，故原告的该项主张证据不足，于法无据，本院不予支持。

综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款之规定，判决如下：

一、雷X向李X退还房屋租金3500元，于本判决生效之日起七日内给付清；

二、驳回李X的其他诉讼请求。