由于引起个人独资企业解散清算的原因不同，所以办理注销登记手续的主体和需提供的证件也不完全相同。按照规定，个人独资企业有下列情形之一时，应当解散：（一）投资人决定解散；（二）投资人死亡或者被宣告死亡，无继承人或者继承人决定放弃继承；（三）被依法吊销营业执照；（四）法律、行政法规规定的其他情形。根据这一规定，可大体将个人独资企业解散分为由投资人自行决定解散和非由投资人自行决定解散两类。实际工作中，对上述两类不同原因引起的解散在办理注销登记手续时，登记机关要求提供的证件是有所区别的，一般情况下由投资人自行决定解散的注销登记，投资人应提交的证件有：注销登记申请书、财产清理和处分证明、债权债务清理证明、完税证明、与职工解除劳动合同的证明或者协议书、其他有关证明等；非由投资人自行决定解散而进行注销登记，人民法院指定的清算人除应提供以上证明（不含注销登记申请书）外还应提交的证件有：经工商行政管理部门依法吊销营业执照的，应提供行政处罚决定书，因法院裁决等其他原因的，应当提交相应的法律文书等。登记机关经过审查，对手续齐备的注销登记的申请予以核准注销。
    虽无对登记机关办理个人独资企业注销登记作出具体明确的规定，但实践中应注意以下几个问题：（一）按照管辖范围和管辖权限来办理注销登记手续；（二）应特别注意个人独资企业债务的清查和债务清偿证明合法性的审查，因为注销登记就是个人独资企业作为债务主体的消灭，由此可能会给债权人带来经济损失或民事侵害；（三）注销登记的同时，一并收缴营业执照和企业的公章、财产专用章、合同专用章等各类印章；（四）登记机关应当出具注销通知书，告知企业的开户银行和税务机关作为清理注销银行帐号、税务登记之用，并留本机关存档；（五）整个审查注销登记过程的要求，应与设立登记一样，均应严格依法进行。登记机关核准个人独资企业注销登记之日为个人独资企业终止之日，从此个人独资企业丧失了民事主体资格，不得再以该企业名义从事任何生产经营活动。登记机关办理个人独资企业注销登记之后，应当发布企业注销登记公告，依法确认个人独资企业消灭这一法律事实所具有的法律效力。