张广朋律师团第根据自己的办案经验和对股权转让纠纷的案例分析，总结出以下关于股权转让协议效力的具体认定常见的争议问题：

股权转让行为存在瑕疵是否影响股权转让合同效力？

法条依据：《民法典》第143条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

案例指引：（2007）民二终字第219号（公报案例）

裁判结果：本案涉及的《股权转让合同书》第13条约定：本合同自甲乙双方四人、金海岸公司签字后生效，各保证人盖章后保证合同生效。上诉人彭某某主张合同书未满足约定的生效要件和有效成立的法定条件，不应受法律保护。但是，该股权转让合同书约定了两个生效条款，除上述条款外，合同书第4.1条还约定了：“合同签订后20日内，乙方（王某某）以金海岸公司的名义支付预备役师土地转让费1500万元（包括前期已打入预备役师指定账户的200万元），乙方支付此款之日起合同生效。”在这两个条款中，合同书第4.1条的约定是附条件的合同生效条款，王某某实际履行了合同。股权转让合同的条件成就，该合同有效成立。因此股权转让合同生效并实际履行。彭某某未在《股权转让合同书》上签名，只是股东在办理股份转让和公司变更手续方面存在的瑕疵，而这一瑕疵并未影响股权转让合同的实际履行。彭某某对此明知，且并未提出异议，因此，股权转让的瑕疵不影响股权转让合同的效力。

结论：股权转让行为存在瑕疵，并不当然导致合同无效，股权转让行为存在瑕疵只是对股权转让行为是否有效产生影响。股权转让合同的效力问题需依据《民法典》第143条进行判断。