某开发商与一建筑公司签订建筑工程承包合同，合同约定了仲裁条款。工程完工后，双方进行了结算，开发商仍欠建筑公司工程款300余万元，双方就如何偿还工程欠款签订《还款协议》。但在履行还款协议过程中，双方发生了争议，建筑公司遂将开发商诉至法院，要求履行协议，支付剩余工程款，并承担违约责任。开发商则辩称，双方的建筑工程承包合同约定有仲裁条款，案件不应由法院管辖。法院审查后，以双方约定了仲裁条款为由，驳回了建筑公司的起诉。

那么，施工合同约定的仲裁条款是否适用于因履行《还款协议》而发生的纠纷案件呢?

【律师解析】

首先，根据《仲裁法》第十九条第一款规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。可见，仲裁条款在民事合同中具有充分的独立性。

其次，本案的《还款协议》是在工程完工后，施工合同双方对欠付的工程价款数额经核对达成一致，并固定为一个明确的数字后签订的。可见，该《还款协议》是为履行施工主合同而签订，体现了工程结算的结果，其性质应为补充协议，是对施工主合同的补充、细化。同时，《还款协议》还是对从施工合同签约到结算的前期履约行为的一个了断，对后期确认欠款数额、还款时间、还款方式等内容作出的新的补充性约定。此外，从《还款协议》文义内容看，主要内容更像是借款合同，发包人主要义务按约定还钱。因此，《还款协议》不具有独立性，而属于双方建筑工程施工合同的从合同。

所以，施工主合同约定的仲裁条款适用于因履行《还款协议》而引发生的纠纷案件。