由于《民法总则》与《民法通则》在法律位阶相同，又都属于一般法，因此当两者规定发生冲突时，根据《立法法》第92条后半句，即新法优于旧法的规则，应当优先适用《民法总则》，自不待言。

问题在于纪要意见稿特别提到的《民法总则》诉讼时效衔接问题。此前实务界讨论较多的问题是：如果依《民法通则》，《民法总则》施行前权利人的诉讼时效期间已经届满，而依《民法总则》则未届满，则此时是否允许义务人援引诉讼时效期间届满予以抗辩？

对于这个问题的回答涉及到对于法的安定性与改革的新法的需求之间的平衡。[1]学界主流的看法认为，如果权利人的诉讼时效期间于《民法总则》施行前已经届满，由于义务人对此享有诉讼时效期间经过的利益，这种利益不能因为新法的施行而被剥夺[2]，权利人已经届满的诉讼时效期间也不能因为新法的施行而被再次激活[3]，因此，此时应当认为权利人的诉讼时效期间已经届满，义务人仍然可以援引诉讼时效经过的抗辩。而对依《民法通则》诉讼时效期间届满之日等于或晚于《民法总则》施行之日的情形，此时由于权利人对于新的诉讼时效有了合理期待，同时义务人的尚未享有诉讼时效期间经过的利益，应当适用《民法总则》中的诉讼时效。这一观点，后来也为最高人民法院颁布的《适用民法总则诉讼时效制度规定》第2、3条所确认。

此外，纪要意见稿第1条中还提到在与《民法总则》不冲突的情况下，依据《民法通则》制定的关于诉讼时效的司法解释仍然可以适用，兹举《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》为例，该规定中第1条但书条款中规定的债权请求权以及其他依其性质不适用诉讼时效规定的请求权与现行《民法总则》不冲突，所以应当继续适用。