畸形儿纠纷该选择医疗损害责任纠纷还是医疗服务合同纠纷，这本身是一个选择问题，如（2015）鄂崇阳民初字第584号，原告米X因胎儿腹部囊性肿块入住被告县医院行终止妊娠手术，双方之间形成医疗服务合同关系。《中华人民共和国合同法》第一百二十二条规定，因当事人一方的违约行为，侵害对方人身、财产权益的，受损害方有权选择依照本法要求其承担违约责任或者依照其他法律要求其承担侵权责任。原告米X为被告县医院在为其施行终止妊娠手术过程中存在医疗过错为由提起损害赔偿之诉，可以以侵权为由要求被告县医院承担侵权责任，也可以以违约为由要求被告县医院承担违约责任。在侵权责任和违约责任之间，原告米小俞有权选择其一。审理中，原告米小俞明确以被告县医院存在医疗过错为由要求其承担违约责任，因此，本案应定性为医疗服务合同纠纷。因此畸形儿纠纷均可以选择，但是原告只能选择其一，两个都提起的为重复诉讼，如（2015）东一法民一重字第8号法院认为：由于涂晓青已经先行就其在东莞高埗志高门诊部进行产前B超检查时未发现其所怀胎儿存在先天缺陷一事，对东莞高埗志高门诊部提起了医疗损害责任纠纷案件，且经本院释明后涂晓青明确选择医疗损害责任纠纷，故涂晓青又以医疗服务合同纠纷提起本案诉讼，属于重复起诉，本院依法予以驳回。

在赔偿方面，大部分法院对违约之诉不支持精神赔偿，因此赔偿项目上医疗损害责任纠纷更占优。其他赔偿项目两者类似。（2016）苏06民终1120号案件本案案由为医疗服务合同纠纷，其所提出的是违约之诉。一方当事人不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。本案显然不具备继续履行或者采取补救措施的条件，只能有违约方依法承担赔偿损失的违约责任。

在举证责任上，两者类似，都需要进行鉴定明确医院是否有过错，有过错才有违约，因此两者举证责任上无本质区别。

在诉讼费用方面，大部分地区都一样，个别地区人损按照人格权计算的，医疗损害诉讼费用较低。

综上所述，畸形儿纠纷以医疗损害责任纠纷为佳。