律师观点分析
本院认为，依法成立的合同对当事人具有约束力，现原、被告的争议焦点为：一、原、被告买卖合同关系是否成立，二、如原、被告买卖合同关系成立，被告应支付的货款金额如何确定，三、原告诉请是否超过诉讼时效。
一、原、被告买卖合同关系成立。首先，根据被告提供的《内部承包协议》，可以证明第三人承包了被告承建的上海某汽车有限公司设计与工程技术中心金桥基地暨金桥扩能项目站房及厂区工程，第三人确认原告向上述工地供应了水稳石和级配碎石，送货地址与货物种类与原告提供的两份《工矿产品购销合同》相吻合。其次，根据被告提供的署期为2017年1月的《承诺函》，周某作为承诺人确认其承包经营了上海某汽车有限公司设计与工程技术中心金桥基地暨金桥扩能项目站房及厂区工程，2014年9月13日，其作为上述工程的工作人员向被告申请，由被告向原告支付50万元(备注为水稳)，同日被告向原告转账50万元(备注为水稳)，与《工矿产品购销合同》付款义务主体、合同期限、货物种类均相吻合。再次，被告自认其向原告付款120万元系受周某指示，第三人亦确认120万元支付的系第三人签收的水稳石、级配碎石货款，虽然第三人不认可周某向被告指示付款，但对如何指示被告付款不能作合理说明。综上，被告与第三人成立承包合同关系，原告向被告承建的工地供货，被告向原告支付了部分货款，结合原告提供的两份《工矿产品购销合同》复印件，可以认定原、被告买卖合同关系成立。
二、关于被告应支付的货款金额。根据《内部承包协议》和2017年1月的《承诺函》，可以认定第三人与周某系被告承建的金桥扩能项目站房及厂区工程的承包人员，其有权在上述工地代表被告签收相关货物。根据第三人及周某签署的供货清单，原告供货时间在两份《工矿产品购销合同》有效期内，货物名称与《工矿产品购销合同》约定的货物名称相符，第三人亦确认货物送达的南京金陵建工工地即其向被告承包的金桥扩能项目站房及厂区工程工地。故被告应支付的货款应以供货清单确认的品名、数量，结合《工矿产品购销合同》约定的单价确定，原告向被告供应的水稳石共26,148.20吨，单价102元/吨，共计2,667,116.40元，级配碎石5,459.90吨，单价77元/吨，共计420,412.30元，货款合计3,087,528.70元。被告已向原告支付120万元，尚需支付1,887,528.70元。原告主张被告自逾期之日起，按中国人民银行同期同类贷款利率支付逾期付款利息，本院予以支持。
关于2016年1月28日杨海寿签署的供货清单。首先，供货日期为2016年1月，超过了两份《工矿产品购销合同》约定的合同期限。其次，送货地址为浙江龙元工地，原告未提供证据证明该工地与被告承建工地的关联性，也未提供证据证明签收人杨海寿系第三人的代理人。故原告主张被告支付2016年1月28日供货清单载明的货物款项，本院不予支持。被告辩称如果原、被告合同关系成立，也已结算完毕，但原告提供的供货清单总金额与被告付款金额之间存在较大差异，被告认为以120万元结算完毕，但未提供双方结算的证据，故对被告的抗辩意见，本院不予采纳。
三、原告诉请未超过诉讼时效。2016年1月31日，被告向原告支付材料款40万元，被告确认其与原告并无其他合同关系，被告与周某也无合同关系，周某作为系争建设项目的施工人员，该款项即为受周某指示被告向原告付款。故被告同意继续履行付款义务的行为，起到诉讼时效中断的法律后果，原告诉请的诉讼时效从2016年1月31日重新计算三年，故原告诉请未超过诉讼时效。
据此，依据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条，《中华人民共和国民法总则》第一百八十八条、第一百九十五条之规定，判决如下：
一、被告A公司于本判决生效之日起十日内支付原告B公司货款1,887,528.70元；
二、被告A公司应于本判决生效之日起十日内支付原告B公司利息损失(以1,887,528.70元为基数，自2015年2月19日起计算至实际清偿日止，按中国人民银行同期同类贷款利率计算)。