一般而言，股东会决议和股东协议的区别主要表现在以下几个方面：

第一，两者的合意形成规则不同。股东会决议按照多数决规则作出，即按照多数派股东的意见作出。少数股东对决议事项明确表示反对，对股东会决议的效力不产生影响。当然，根据股东会决议事项的不同，股东会决议可采用不同的多数决规则，即对一般的事项采用简单多数决，对重大事项则采用绝对多数决。股东协议则应当遵循意思表示一致的原则作出，只要有一个股东明确表示反对，股东协议就无法达成。

此外，股东会决议的形成，有严格的程序规定，必须在股东会会议上作出；而股东协议，可以在股东会会议上作出，也可以在非股东会会议上作出。因此，股东在股东会会议上作出的决议并不一定就是股东会决议。

第二，两者的内容不同。股东会决议只能在股东会职权范围内作出，而股东协议则不受股东会职权范围的限制，可以就有关公司或者股东权利的任何事项达成协议。股东和公司作为相互独立的民事主体，两者在财产和人格上相互独立。因此，两者的意志也应当是相互独立的，即股东不得以自己的意志代替公司的意志，公司也不得以自己的意志代替股东的意志。股东会决议，虽然是股东意思表示的转化物，但它却不是股东的意思表示，而是公司的意思表示，是公司的意志。股东会决议作为公司的意志，当然只能对公司的事项作出处理，不能处分股东的权益。

从法律上来说，公司作为一个享有权利能力的独立民事主体，当然应当拥有自己的利益。但从事实上分析，公司作为一个拟制体，只是人们为达到某种目的的制度工具。从这个意义上来说，公司不需要拥有自己的利益。公司仅仅是与公司有利害关系的利益群体的利益载体。因此，股东作为公司的“主人”，在其对公司有关事项进行处理（分）时，只要不损害股东以外的其他利益群体的利益，就应当承认股东协议的法律效力。所以股东作为公司的投资者，在一定程度上又享有对公司相关事项的决策权。概言之，股东会决议不能处理（分）股东的权益，但股东协议则在一定程度上可以对公司相关事项作出决定。

第三，两者的效力不同。股东会作为公司的权力机构，其作出的股东会决议的效力主要体现为对公司董事、监事及经理等高管人员具有法律约束力，可以看作对公司董事、监事及经理等高管人员的一种命令，董事、监事及经理等高管人员必须执行，否则，股东就可以依照法律、公司章程的规定，追究其责任。股东协议的效力主要体现为对股东的法律约束力，股东必须按照股东协议的规定履行自己的义务，否则，履行了股东协议所约定义务的股东可以依照协议的约定，追究其责任。

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