如果在公司设立时，约定公司股东认缴公司的注册资本。后在公司运营期间，公司股东向公司投入一笔资金，未明确约定是出资款、新增注册资本金还是借款，可以主张是借款吗？

首先，被认定为出资款的主要依据是《公司法》和公司章程。如果该笔资金与公司章程规定的认缴资本期限和金额相差甚大，公司没有按照《公司法》规定向该公司股东出具明确载明股东出资额和出资日期的《出资证明书》，公司也没有向当地市场监管部门办理相关注册资本认缴变动手续，并且公司财务审计报告或财务记录前后不一致或未明确以实收注册资本金的名义入账的，那么，该笔资金将不宜被认定为出资款。

其次，如被认定为新增注册资本金，最基础的文件是公司股东关于增资所作出的、合法有效的股东会决议。显而易见，该公司股东在内的所有股东也是没有依照《公司法》和公司章程规定的议事方式和表决程序作出并签署股东会决议。

最后，不同于出资款和新增注册资本金的是，虽然该公司股东与公司间并未签署正式的书面借款合同，没有在转账时备注用途为借款，公司也没有实际支付借款利息，但因资金进出比较方便灵活，鉴于该笔资金较公司章程规定的认缴金额相差甚大，一般被认定为公司和该公司股东之间借贷关系比较符合商事习惯。

综上所述，资金往来客观存在，但对资金性质和用途没有明确约定的条件下，既然被认定为出资款的主要依据不足或不够充分，且又无其他证据证明该笔资金为新增注册资本金的，认定为借款较为适宜。