虽然对操纵市场行为本身的认定已属不易，但在操纵市场民事责任制度中，更为疑难的是因果关系的认定。

（一）因果关系在操纵市场民事责任构成中的关键地位

行为人故意对不特定交易者实施的操纵市场行为，所引发的损害赔偿责任的确立，需要证明两重因果关系：一是操纵市场行为和受损投资者的交易行为之间的交易因果关系，该因果关系也被称为责任成立因果关系、事实因果关系，是指操纵行为系投资者对证券交易价量信号的含义产生误判，从而实施了本不会实施的交易之原因，是定性层面的判断。二是操纵市场行为和投资者的交易损失之间的损失因果关系，该因果关系也被称为责任范围因果关系、法律因果关系，是指操纵行为系投资者产生特定数额之损失的原因，是关于损失程度之相当性的定量层面的判断。

此两重因果关系亦是整个反证券欺诈法乃至整个侵权责任制度的关键因素。按照民法一般理论，对欺诈行为的交易因果关系之认定，首先需要证明相对人因对欺诈的确实信赖而陷于错误，并因此错误而向欺诈人作出交易的意思表示。当今证券市场早已实现计算机系统自动化匿名撮合、集中竞价，买卖方之间一般无直接沟通，故而欺诈的意思表示是否使人陷于错误就难以得到证明。操纵市场人（侵权人）、行为受益人以及受害人之间的联系难以特定化。确认操纵市场行为与投资者交易行为之间的交易因果关系本身亦无助于确认投资者因操纵市场行为所产生的损失幅度。

（二）在操纵市场民事责任中推定因果关系的正当性疑难

推定因果关系的正当性在于基础事实之间具有因果关系的客观逻辑性，而这些正当性前提在操纵市场的情形中恐怕不存在。

1.投资者对操纵市场行为的信赖难以推定

虚假陈述是指具有重大信息披露的专属资格和披露真实、准确、完整的信息之义务的特定权威主体，公然违反前述义务作出不当披露的行为。其具有引起市场注意的外部形式，相关信息一般会对市场价格产生影响。故而，司法机关可以依据传统民法中的卖家瑕疵担保责任来推定理性投资者对虚假陈述人的合理信赖，以及相关因果关系的存在。然而，在交易型操纵市场中，投资者只能观察到证券交易价量的变化，而不能知悉价量变化的原因为何。在多数情况下，投资者对操纵行为人及其行为不存在合理信赖的理由。

2.投资者对被操纵之市场价量信号的信赖难以推定

3.“便利投资者举证”并非推定因果关系的正当性理由

不少人以“投资者保护”为由，强调推定因果关系的制度价值是可以降低原告举证责任，便于法院审理，便于追究被告责任。但这种“目的性理由”，其只应该在推定因果关系之正当性已经被证明的基础上，再成为技术性、补充性的“手段性理由”。此外，轻率推定因果关系不利于市场成熟。大幅度减轻原告诉讼负担，必然使得投机者得以把大量本来应当由其承担的正常市场风险，甚至投机风险转嫁给上市公司，诱导投资者盲目、轻率投资，鼓励股票投机。

（三）在操纵市场民事责任中推定因果关系的技术性疑难

所谓技术性疑难，是指在不考虑操纵市场民事责任推定因果关系是否会“过苛”对待操纵市场行为人的前提下，法律制度仍然面临的操作性、适用性难题。这主要体现在损失因果关系层面，因为民事责任要实现，就必须具体、确实地回答究竟哪些投资者遭受了多大的损失，并对每个投资者的损失给出具体的赔偿数额。造成此类技术性疑难的原因在于：

（四）主要法域均未就操纵市场民事责任轻易推定因果关系

在实证法上，美国、日本、韩国、新加坡等法域均未对操纵市场民事责任轻易进行因果关系推定。我国操纵市场民事责任领域的立法并非像一些人认为的那样“粗糙滞后”，因此亦无急迫引入因果关系推定等条款以求改变的必要。