简要案情：李先生的房子一部分有产权一部分没有办证，2018年遇到当地政府征收，由于对无证部分的补偿一直谈不下来，签约期内无法达成协议，于是当地政府于2018年8月作出了安置补偿决定，对有证部分进行了补偿。2018年9月，李先生又与政府达成了补偿协议，对无证部分进行了补偿，但是也没有约定搬迁，过渡安置等费用。在发放补偿款时，双方由于对两个补偿内容产生异议，最终诉至法院。

法律观点：财产权益的补偿具有可协商性，法律赋予征收人和被征收人一定的选择权和处置权。在补偿问题上当事人意思自治优先的原则上，即补偿决定作出后，如果征收人与被征收人就补偿问题重新达成了补偿协议，可以视为用行政协议的方式替代了补偿决定。

案情分析：本案中，政府作出房屋补偿决定后，又与李先生达成补偿协议。在此种情况下，可以视为政府与李先生签订的补偿协议是对政府作出的补偿决定的替代。因此最终应当按照补偿协议确定的情况进行相应的补偿。政府对被征收人作出补偿决定后，又与被征收人签订补偿协议，补偿协议视为对补偿决定的替代，以补偿协议为准，这是属于遇到的特殊情况，在一般情况下收到补偿决定后，如果对补偿内容不满意的，要尽快申请行政复议或者提起行政诉讼，请求撤销补偿决定。