我国的特殊工时制度主要包括不定时工时制和综合计算工时制。实行特殊工时制的员工在工作日、双休日或者法定节假日加班的，并非全都能获得相应的加班费。 

? 不定时工时制：对于实行不定时工时制的员工，因其不按固定工作时间计算工时，用人单位无需支付其正常工作日的加班费以及双休日的加班费。但对于法定节假日的加班费，各地存在不同做法。例如，在北京地区，实行不定时工时制员工在法定节假日加班的无权获得加班费；但在上海和深圳地区，实行不定时工时制员工在法定节假日加班的有权获得加班费（日工资的300%）；

 ? 综合计算工时制：如经劳动行政部门批准实行综合计算工时制，在用人单位得到审批的计算周期内，员工经综合计算的工作时间超过法定标准的部分，应视为加班，用人单位需支付加班费（日工资的 150%）；此外，员工在法定节假日工作的，按不低于日工资的 300% 支付加班费。 

关于实行综合工时制的员工在离职时其综合计算周期未满，用人单位应如何支付加班费，各地存在不同的做法。例如，在北京地区，对于员工实际工作时间超过法定标准工作时间的部分，用人单位应按照不低于日工资的 200% 的标准支付加班费。

 综上，对于实行特殊工时制的员工，用人单位在日常用工管理过程中需遵照当地不同工时制的加班费支付规则执行，并注意保留员工加班的相应证据。