《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条规定：“公民、法人或者其他组织就下列行政协议提起行政诉讼的，人民法院应当依法受理：（一）政府特许经营协议；（二）土地、房屋等征收征用补偿协议；（三）矿业权等国有自然资源使用权出让协议；（四）政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议；（五）符合本规定第一条规定的政府与社会资本合作协议；（六）其他行政协议。”本条规定了六类特殊的行政协议。这六类特殊的行政协议，以往司法实务常常将其作为民事合同处理，这是不正确的。
1.政府特许经营协议
政府特许经营是指在特定的公用事业等领域，由政府根据有关法律规定，通过市场竞争机制选择公用资源投资者或者经营者，并授权其在一定期限和范围内经营某种公用事业产品或者提供某项服务的制度。基于该制度，所谓政府特许经营协议，就是指行政机关在有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等领域，与公民协商一致，授予其参与公共工程或者基础设施建设的特许权的协议。一般来说，行政机关通过颁发授权书或者签订协议的形式，授予公民或者企业特许权，由私人开采国家所有的资源或者建设政府监管的公共基础设施项目。私人在获得政府许可的经营权后，承担有关设施的修建、更新改造及经营责任，全部费用均由私人承担，从开发、利用资源中回收成本并赢得利润。在特许合同期满后，私人应当将所有设施交还政府有关部门。政府特许经营协议通常运用在城市基础设施建设、城市供水、供气、供热、污水处理、垃圾处理、客运出租车经营等城市公共交通、海域使用权出让等领域。
2.土地、房屋等征收征用补偿协议
根据《城市房地产管理法》《土地管理法》《国有土地上房屋征收与补偿条例》等法律法规的规定，所谓土地、房屋等征收征用补偿协议，是指土地、房屋等征收征用部门与被征收征用人依照法律法规的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项订立的补偿协议。需要注意的是，《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条中规定的“土地、房屋等征收征用补偿协议”中的“等”属于“等外等”，只要是由于征收征用补偿签订的协议都属于行政协议，并不局限于土地、房屋两类。另外，征收征用的对象除了不动产外，还包括动产。一般说来，征收的对象是不动产，而征用的对象除了不动产以外还包括动产。除了动产和不动产外，征收征用的对象还可能包括知识产权。《专利法》规定的强制许可制度即属此类。
3.矿业权等国有自然资源使用权出让协议
矿业权等国有自然资源使用权出让协议，是指行政机关代表国家将矿业权等国有自然资源的使用权在一定期限内出让给行政相对人，行政相对人支付出让金并按协议的规定开发利用国有自然资源而签订的协议。矿业权出让协议主要包括探矿权、采矿权出让协议。国有自然资源使用权出让协议中最典型的是国有土地使用权出让协议。重要的事再说一遍：国有土地使用权出让协议是典型的行政协议，而非民事合同。
4.政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议
政府投资的保障性住房的租赁、买卖等协议，是指行政机关为了推行和实现福利政策，与行政相对人签订的由政府投资建设的保障性住房的租赁、买卖等协议。无论是公有租赁住房还是新类型的保障房，都是国家通过财政、土地等支付或者补助，再由国家所有或者开发商所有、物业企业运营的房屋，其目的都在于保障部分人群的住房权利，属于国家福利行政的范围，具有强烈的公共服务性质，因此，其相关协议属于行政协议的范畴。
5.政府与社会资本合作协议
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条第（五）项规定：“符合本规定第一条规定的政府与社会资本合作协议”，属于行政协议。政府与社会资本合作协议，又称为PPP协议、公私合作协议，是行政机关利用社会资本进行相关基础设施等投资合作的协议，是行政机关为实现相关行政管理目标签订的协议。政府与社会资本合作协议是比较典型的行政协议。从目前政府与社会资本合作协议的具体形式而言，特许类的合作协议占比较大。例如，TOT（转让运营移交）、BOT（建设运营移交）BOOT（建设拥有运用移交）等。政府与社会资本合作项目主要适用于政府负有责任又适宜市场化运作的公共服务、基础设施类项目。燃气、供电、供水、供热、污水及垃圾处理等市政设施，公路、铁路、机场、城市轨道交通等交通设施、医疗、旅游、教育培训、健康养老等公共服务项目，以及水利、资源环境和生态保护等项目均可推行政府与社会资本合作模式。这些项目均属于行政公产范畴。
6.其他行政协议
这是《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二条的兜底性规定。概言之，某一份协议是否属于行政协议，应当根据行政协议的要素进行审查，而不能仅仅通过协议名称进行判断。例如，治安担保协议、计划生育合同、招商引资协议、行政和解协议、国有资产承包经营出售或者租赁合同、行政机关委托科研咨询协议等，在性质上一般属于行政协议。
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