制度性要素能体现政府对相关市场的干预方式，进而对市场结构、行为和绩效三要素产生一定的影响与互动。政府对农业领域的干预主要体现为产业政策和竞争政策两种形式：农业产业政策通过产业管制或扶持的形式，既影响农业生产者的组织化程度与议价能力，又能决定农产品流通的基本模式及其效率；而农业竞争政策则主要体现为反垄断执法，即农产品流通领域的限制竞争行为是否能受到有效的执法威慑。

　　1.制度性要素中的农业产业政策。理想的农业产业政策一定程度上可以改善农业“上弱下强”的结构性特征，构建起一个高效的农产品流通市场。欲实现这一功能，产业政策应一方面提高农业生产者的组织化程度和议价能力，比如通过政策扶持激励农业合作社的组织和发展；[11]另一方面则要缩短农产品供应链，减少农产品从生产到消费的分销环节，节制农产品流通过程中的成本。[12]

　　依照上述标准，中国目前的农业产业政策存在诸多问题。2007年7月1日起实施的《农民专业合作社法》本应在提高农民组织化程度层面发挥重要功能，但该法2条将农民专业合作社界定为“同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者，自愿联合、民主管理的互助性经济组织”，依照这一定位，合作社的成员构成不局限于同业生产者的联合，而是在此基础上允许那些处在同一农产品产业链条上具有上游、下游业务关联的相关利益群体也能组成或进入合作社。[13]这种模糊的定位使得政府对合作社的政策扶持具有“双刃剑”效应：在提高上游生产者组织化程度的同时，也必然一并便利了下游经销商达成共谋与协调，这便无助于扭转“上弱下强”的结构性问题。实践中，我国的农产品流通渠道仍然是以中间商和批发市场为主导运行，分销链条众多、流通效率低下、农民承受较高风险；[14]且政府为了保障农产品供应的安全和秩序，通常对农产品批发市场进行集中管理，这便令其具有了区域垄断特征，这种过度管制的农业产业政策反而加剧了农产品流通渠道的协作程度，“上弱下强”的结构性特征反而进一步固化。

　　2.制度性要素中的农业竞争政策。农业领域的竞争政策通常要处理农业反垄断法适用除外的边界问题。从全球范围来看，基于农业生产者通常具有较弱的经济地位、抗风险能力和议价能力，农业领域的反垄断法适用除外制度是普遍存在的。[15]但是，这并不意味着农产品流通中的所有竞争行为均不适用反垄断法，而是根据“上弱下强”的结构性特征，令反垄断执法“张弛有度”：一方面，反垄断法适用除外制度应当豁免上游弱势的农业生产者，促进其组织化程度和议价能力的提高；另一方面，又要对下游农产品经营者保持足够的反垄断执法威慑。美国《凯普沃斯蒂德法》、欧盟1962年《关于处理农业领域协议的26号法规》和日本《禁止私人垄断与确保公平交易法》均存在农业适用除外的规定，但其具体适用范围受到高度限制，均主要局限于农业生产者或其组成的互助合作组织，而不参与农业生产活动的下游流通商则仍会受到竞争执法的威慑。[16]

　　中国《反垄断法》56条亦规定了农业适用除外制度，但由于立法用语笼统，其具体适用范围语焉不详，学界对其具体范围的理解也存在一定偏差。[17]从执法实务来看，《反垄断法》实施十年以来，一直罕见农产品流通领域限制竞争行为的执法实例，这表示执法机关倾向于将56条做扩张解释，即认为农业整体皆豁免反垄断执法，这种反垄断执法的缺位进一步恶化了农产品流通市场的竞争环境。

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