案情简述：
2007年9月18日，甲公司（发包人）与乙公司（承包人）签订了两份《工程建设施工协议》，均约定：乙公司承建甲公司的一商业中心的装修工程；工程质量要求为优良；承包方式为双方核定确认的施工图预算加洽商增减变更；对由发包人、设计人提出的项目变更、工程量增减变更，按实调整，材料价格参照最新造价信息和市场行情进行定价。
2007年10月22日，乙公司收到了招标人为甲公司的装修工程《中标通知书》，双方签订了《建设工程施工合同》及《合同签订备案表》。工程质量标准为合格；中标价格为10434671元；合同价款采用固定单价合同方式确定，以施工图纸为依据的实际工程量清单与招标时招标人提供的工程量清单有差异时，按实调整。同日，双方将签订的《建设工程施工合同》向北京市建设行政管理部门进行了备案。
2007年9月10日，乙公司入场施工。2008年5月，装修工程基本完成，但未进行竣工验收，同年6月1日甲公司开业使用。乙公司于2008年10月7日向甲公司提交了《结算书》，申报结算价为25221740元。双方一直未结算，乙公司于2012年3月提起诉讼。
诉讼过程中，经甲公司申请，法院委托北京某造价咨询公司对涉案工程造价进行鉴定，该公司出具的《工程造价鉴定意见书》中工程鉴定结果为20712282.90元。
主张和答辩：
乙公司主张：应按双方2007年9月18日签署的两份《工程建设施工协议》结算，并依据施工合同中支付拖欠工程价款的利息，并承担违约责任，请求判令甲公司支付：
1、拖欠的工程款22121740元；
2、欠款利息及违约金共7118034.58元；
甲公司辩称：
根据法律规定，2007年10月22日签订并经备案的合同的效力高于未经备案的合同，且根据后合同优于先合同的原则，经过备案的建设工程施工合同的效力更高。因此，该工程的工程款应以备案的施工合同为准，款项应为10434671元。
争议焦点：
当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以哪一个版本的合同作为结算工程价款的根据。
一审裁判：
一、被告甲公司于本判决生效之日起七日内支付原告乙公司工程款一千五百一十九万六千九百六十元；
二、被告甲公司于本判决生效之日起七日内支付原告乙公司迟延支付预付款违约金六万二千六百零八元；
三、驳回原告乙公司的其他诉讼请求。
二审裁判：驳回上诉，维持原判。
案例评析：
本案中，发包人与承包人就同一建设工程施工合同签订了两份不同版本的合同，其中一个是备案的中标合同，另两个是与中标合同不一致的合同，这就是典型的“黑白合同”或“阴阳合同”。以两个版本合同进行结算通常会出现巨大差异，这是发、承包双方争议的重要焦点。
按照《合同法》、《建筑法》、《招标投标法》等有关法律规定，招标活动应当遵循公开、公正、公平的原则。要求以正当的手段开展招标投标活动，不允许“暗箱操作”和虚假招标，以给市场主体一个公平的竞争机会，激发建筑施工企业活力，促进企业提高技术和管理能力。《招标投标法》明确规定，招标人和中标人应按招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再订立背离合同实质性内容的其他协议。签订“黑白合同”侵犯了其他未中标人的合法权益，有悖于《招标投标法》的立法主旨，是一种严重干扰建筑市场程序的行为。
对于“黑白合同”的处理，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条有明确的规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”这一条司法解释的正确理解，需要从以下三个方面着重把握：一、两个不同版本的合同，在签订时间上可能可以存在三种状态：即与中标合同不一致的合同在中标合同之前签订；与中标合同不一致的合同在中标合同之后签订；与中标合同不一致的合同与中标合同在同一天签订且难以确定先后顺序的。从《招标投标法》有关规定看，当事人无论是在中标前或中标后签订不一致的合同，目的在于规避中标合同的，都不影响对合同性质的认定。二、两份合同不一致的地方必须是在工程价款、工程质量或工程期限等合同实质性内容方面有所违背。三、强制招标的工程的中标合同备案是法定制度，确定以备案的中标合同作为结算的依据。招标及备案制度主要是规制强制招标项目，这些项目都是国家投资、融资项目，关系到社会公共利益和公共安全的项目，或是使用国家统借外债的项目，这些项目需要国家对相关民事活动进行干预，达到有效监督的目的。
但是，中标合同也不是绝对不准许当事人变更合同实质性内容，《全国民事审判工作会议纪要》（2011）第23条：建设工程开工后，发包方与承包方因设计变更、建设工程规划指标调整等原因，通过补充协议、会谈纪要、往来函件、签证等形式变更工期、工程价款、工程项目性质的，不应认定为变更中标合同的实质性内容。
近年来，随着经济发展，常出现新的案件类型，例如中标合同也无效该如何处理？不属于必须招标的项目地方又要求走招标和备案程序的，各地方对此亦有创新的处理方式，现选取一些地方的规定供读者参考：
《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》15条：“法律、行政法规规定必须进行招标的建设工程，或者未规定必须进行招标的建设工程，但依法经过招标投标程序并进行了备案，当事人实际履行的施工合同与备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。法律、行政法规规定不是必须进行招标的建设工程，实际也未依法进行招投标，当事人将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。”
《浙江省高级人民法院民事审判第一庭关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》：当事人违法进行招投标，当事人又另行订立建设工程施工合同的，不论中标合同是否经过备案登记，两份合同均为无效;应当按照最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条的规定，将符合双方当事人的真实意思，并在施工中具体履行的那份合同，作为工程价款的结算依据。
《安徽省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的指导意见(二)》(2013)：第二条：“依法必须进行招标的建设工程，招标人与投标人在履行招投标程序前，以签订补充协议等形式对建设工程的施工范围、工期、计价方式、总价款等内容进行约定的，属串通投标，所签订的建设工程施工合同无效。”第七条:“不属于依法必须招标的建设工程，发包人与承包人又另行签订并实际履行了与备案中标合同不一致的合同，当事人请求按照实际履行的合同确定双方权利义务的，应予支持。” 第八条:“当事人就同一建设工程订立的数份施工合同均被认定无效，应当参照当事人实际履行的合同结算工程价款。”
《江苏省高院建设工程施工合同案件审理指南》(2010)：
实践中存在既非强制招投标项目，当事人又未自愿进行招投标，但根据当地行政主管部门的要求，承、发包双方签订的施工合同必须备案。当事人在备案合同之外，另行签订实质性内容不同的合同且未备案的，是否属于黑合同?我们认为，非属强制招投标范围的工程，备案与否不影响合同效力，不存在黑白合同的问题。当事人签订的合同尽管与备案的合同有实质性内容的不同，但并非不能作为结算的依据。此时对合同的认定，应以该合同是否违反法律禁止性规定，是否体现当事人真实意思表示进行判断。
小结：
本案涉案工程系属于必须招标的项目，本案当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。甲公司和乙公司于2007年10月22日向建设行政管理部门备案的《建设工程施工合同》系双方当事人的真实意思表示，内容不违反法律规定，且已经过备案，属于有效合同，应为双方结算工程价款的依据。如果本案涉案工程属于自主招标的项目，但合同已备案，也应按《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》分两种情况进行处理：依法经过招标投标程序并进行了备案，当事人实际履行的施工合同与备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据；未依法进行招投标，当事人仅是将签订的建设工程施工合同在当地建设行政管理部门进行了备案，备案的合同与实际履行的合同实质性内容不一致的，应当以当事人实际履行的合同作为结算工程价款的依据。