自然人股东可以降低股权转让成本的方法有哪些

《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014 年第 67 号）第十三条规定，“符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：

1.能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；

2.继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；

3.相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；

4.股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形”。

比如，企业因政策原因被政府要求关停并转，相关转让方可以借用上述第一条进行筹划；对于家族企业内部股份转让则可以通过第二条进行筹划；尤其值得关注的是第三条，具有很大的筹划空间，可以通过修改公司章程、相关协议进行“内部”低价转让；第四条则赋予了税务机关很大的自由裁量权，也为部分企业提供了一定的筹划空间。需要提醒的是，该筹划方法的运用，依然面临实质课税被纳税调整的风险。