首先，既然员工与公司协商一致，并签订了补偿协议，那么依法除非另一方同意，否则原则上是不能反悔的。

其次，根据《劳动合同法》第五十条第二款“劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。”，如果公司与员工约定了离职需办理工作交接或者公司制度有相关规定，那么公司可在员工办结工作交接时向其支付经济补偿金，员工未办理工作交接，可暂不支付经济补偿金；如果没有约定或者制度无规定，未办理工作交接，公司仍需按补偿协议约定的时间及金额支付经济补偿金。此外，公司可以采取发书面通知函等方式要求员工办理交接手续，亦可公司作为申请人提起仲裁进行主张。

协议约定了最后工作日，可以在最后工作日之后拒绝员工进入公司办公区域，要求其配合办理工作交接。