本案涉及违约金、约定损失赔偿与其他损失赔偿之间的关系及适用问题。

首先，违约金与约定损失赔偿能否并用的问题。违约金和约定损失赔偿，一般均是当事人在订立合同时，预先约定的一方违约时应向对方支付一定金钱或支付金钱的计算方法。《合同法》第114条第1款规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。本案租赁合同属于当事人既约定了任何一方违反合同约定或毁约时应支付违约金100万元，又约定了违约方应当赔偿对方经济损失1000万元，即同时约定了违约金和损失赔偿数额的情况。对此，有观点认为，由于我国法律规定的违约金主要是补偿性的，因此违约金就是一种预定损害赔偿，其与约定损失赔偿性质并无不同，因此不应存在同时适用的问题。也有观点认为，合同法及相关法律并未禁止违约金与损失赔偿的同时约定，因此应当允许。

本案二审判决采纳了第二种观点，这是因为，违约金与约定损失赔偿之间虽然具有相似性，但也存在差异：违约金的约定具有担保合同履行之价值，而约定损失赔偿仅是为违约行为发生后方便计算损失赔偿数额，不具有明确的担保合同履行之意义；违约金的支付理论上仅需存在违约行为即可，而约定损失赔偿由于其本质上仍是一种损失赔偿，因此应以存在损失为前提条件，虽然这个损失的具体大小和数额无需当事人证明。此外，根据《合同法解释（二）》第28条的规定，当事人依照《合同法》第114条第2款的规定，请求人民法院增加违约金的，增加后的违约金数额以不超过实际损失额为限。增加违约金以后，当事人又请求对方赔偿损失的，人民法院不予支持。应该可以作这样的理解，即如果当事人没有请求增加违约金而违约金低于当事人遭受的实际损失时，当事人可以在违约金之外另行主张赔偿损失，只要其所受赔偿的总数不超过其实际损失即可，即法律确立的违约损失全部赔偿原则，不必拘泥于赔偿的名目，而仅需关注赔偿是否弥补当事人的全部损失以及是否使其获得额外利益即可。从这个角度上看，允许违约金与损失赔偿并用，也就不应否定违约金与约定损失赔偿的并用。

其次，双方当事人违约时，违约金及约定损失赔偿条款的适用问题。本案一审判决认为，由于双方当事人均存在违约，故合同中违约金及约定损失赔偿条款对双方当事人均不再适用，双方均无权向对方主张违约金及违约损失赔偿。而二审判决认为，《合同法》第120条规定，当事人双方都违反合同的，应当各自承担相应的责任。法律并未规定在双方当事人均存在违约的情况下，合同约定的违约责任条款失效，因此，在双方当事人均存在违约时，不应影响合同违约责任条款的法律效力。一审判决的上述认定，属于适用法律错误。根据租赁合同的约定，违约责任条款的适用条件有二：一是双方中的任何一方中途毁约或违反合同约定；二是给对方造成影响及损失。由于数源公司生产的电石产品，是三维公司的主要生产原料，数源公司的停产行为，必然给三维公司带来一定影响及损失，因此违约责任条款对数源公司适用条件成就。三维公司提前要求解除合同的行为，使得数源公司继续承租经营以获得未来利润的希望落空，租赁经营期间的资产投入回报机会丧失，该损失数额虽然难以确定，但对数源公司亦必然构成一定影响及损失。因此违约责任条款对三维公司适用条件亦成就。在此情况下，应当按照各自责任确定违约金和约定损失赔偿的承担数额。虽然根据双方在违约责任中所负责任的比例，本案最终处理结果是双方互相不负违约金及违约损失赔偿的给付责任，但这仅是因为双方互负同等违约责任的结果，与一审判决的结果虽然相同，但思路和依据是明显不同的。换言之，如果能够确认任何一方当事人需负更重的违约责任时，该方当事人仍应向对方当事人承担违约金或违约损害赔偿的给付义务。

再次，违约金、约定损害赔偿与其他损害赔偿之间的关系。在本案已经确定租赁合同约定的违约责任条款适用的情况下，是否还应支持当事人提出的违约金与约定损失赔偿之外的其他损失赔偿请求，是本案合同解除后，损失赔偿问题面临的又一个法律适用问题。对此，有观点认为，违约金与损害赔偿之间并无排斥关系，当违约金低于实际损失时，当事人可以在违约金之外请求赔偿。但约定损害赔偿系当事人对违约后造成的损失的预约，其目的就是为了避免违约后再行计算实际损失，因此，在适用约定损失赔偿的情况下，不应再支持当事人提出的其他损失赔偿请求。按照这一思路，本案双方提出的关于经营利润损失、直接经济损失和间接经济损失等，均不应再予支持。也有观点认为，既然我国法律确定的违约损害赔偿是全部赔偿原则，在当事人有证据证明其实际损失大于约定的损失赔偿额时，不应排除当事人该项权利的行使。

约定赔偿数额是免除权利人的举证责任，其作为权利人可以自行放弃该权利，选择举证证明自己的损失。换言之，在当事人有证据证明其损失大于约定损害赔偿的数额时，仍应支持其约定损害赔偿之外的赔偿请求。因此，二审判决从全面维护当事人合法权益出发，按照第二种思路，进一步对当事人提出的其他损失赔偿请求，从违约责任构成的角度进行了分析。本案最终未支持当事人提出的其他损失赔偿请求，原因是当事人未能举证证明存在其他损失，或者未能证明其所主张的损失与对方当事人的违约行为之间存在因果关系，因而不符合合同法上违约损害赔偿的构成要件。按照这一处理思路虽然与按照第一种处理思路的结论是一致的，但是更全面考虑了当事人提出的诉讼请求可能存在的合理性，从保护当事人诉讼权利的角度看，应当是更为可取的。