各地政府机构内部都设有针对农村土地承包合同纠纷和因土地承包经营权发生纠纷的仲裁机构，如当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，不论是否在合同约定了由土地承包仲裁机构仲裁，都可以直接申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。

但是根据有关司法解释的规定，如果当事人在合同约定了由土地承包仲裁机构予以仲裁的，则不能直接向人民法院提起诉讼，而应当按照合同的约定，向有关的仲裁机构申请仲裁。只有在仲裁机构仲裁之后，如对仲裁机构作出的裁决不服，才可以在法定的期间内向法院提起诉讼。当然如果没有在法定的期间内向法院提起诉讼，那么裁决书就发生效力。生效的裁决书与法院裁判文书具有同等的强制执行效力。当事人可以依据裁决书直接向人民法院申请强制执行。