个人独资企业的职工是我国工人阶级的重要组成部分，同一切劳动者一样是国家的主人，他们的合法权益受宪法和法律的保护。个人独资企业作为依法设立的经营实体，必须在宪法和法律的范围内活动，有义务保障职工的合法权益。职工的合法权益由两部分组成：一是享有宪法和法律规定的公民的基本权利。如选举权、被选举权；宗教信仰自由；言论、出版、集会、结社、游行、示威自由；通信自由，通信秘密受法律保护；住宅不受侵犯；人格尊严不受侵犯；人身自由不受侵犯，非经人民检察院批准或者决定，或者人民法院决定，并由公安机关执行，不受逮捕等（宪法第三十四、三十五、三十六、三十七、三十八、三十九、四十条等）。二是享有宪法和法律规定的劳动者的权利。如劳动的权利；平等就业和选择职业的权利；获取劳动报酬的权利；休息休假的权利。获取劳动安全卫生保护的权利；接受职工技能培训的权利；享受社会保险福利的权利；提请劳动争议处理的权利；女职工和未成年工（指年满16周岁未满18周岁的劳动者）享受特殊劳动保护的权利以及法律规定的其他劳动权利（宪法第四十二、四十三、四十八条，劳动法第三条、第五十八条等）。
    职工的上述合法权益受宪法和法律的保护，任何侵犯职工合法权益的行为都将受到法律的制裁。按照本法规定，个人独资企业招用职工的，应当依法与职工签订劳动合同，保障职工的劳动安全，按时、足额发放职工工资（第二十二条）；个人独资企业应当按照国家规定参加社会保险，为职工缴纳社会保险费（第二十三条）；个人独资企业违反本法规定，侵犯职工合法权益的，按照有关法律、行政法规予以处罚，并追究有关责任人员的责任（第三十九条）。