一、一般情况下的承包方的建筑工程结算审计
一般来说，建筑工程在办理结算审计时，由施工单位根据合同协议书，施工图纸，工程量清单，变更，签证，等等工程资料按照约定的结算方式进行结算，将完整的需要审计的资料报发包方，发包方委托有资质的造价咨询公司或者交由内部审计部门对该工程进行审计。
（一）建筑工程办理结算审计的过程：
（二）工程项目主管部门报送项目结算资料；
（三）检查结算资料的完整性和审批手续的完备性；
（四）办理工程项目结算资料移接交手续；
（五）审计人员熟悉工程图纸和结算资料；
（六）会同项目主管部门和施工单位察看工程现场，了解当时施工的有关情况；
（七）依据竣工图和变更签证，核定隐蔽工程数量按照现场实地测量情况，核定外露工程数量；
（八）依据材料价格签证，参照当期造价信息，核定工程主要材料价格；
（九）依据合同规定的计价方式，确定工程初审造价；
（十）初步审核结果与施工单位见面；
（十一）出具初步审核结果定案表；
（十二）施工单位、项目主管部门、审计处会签；
（十三）报项目主管校领导和主管审计校领导审批；
（十四）按规定编制报送财政厅评审中心审查呈报表；
（十五）呈报表报主管审计工作的校领导审批；
（十六）评审中心出具最终审查结果报告；
（十七）审计处分发审查结果报告。
二、如果遇到政府投资的情况，依据相关法律法规进行办理
１、《审计法》第二十二条：审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督。
２、（审计法实施条例》第二十条：审计法第二十二条所称政府投资和以政府投资为主的建设项目，包括：（１）全部使用预算内投资资金、专项建设基金、政府举借债务筹措的资金等财政资金的；
（２）未全部使用财政资金，财政资金占项目总投资的比例超过５０％，或者占项目总投资的比例在５０％以下，但政府拥有项目建设、运营实际控制权的。
审计机关对前款规定的建设项目的总预算或者概算的执行情况、年度预算的执行情况和年度决算、单项工程结算、项目竣工决算，依法进行审计监督；对前款规定的建设项目进行审计时，可以对直接有关的设计、施工、供货等单位取得建设项目资金的真实性、合法性进行调查。
３、以浙江省为例，《浙江省国家建设项目审计办法》（２００２年浙江省人民政府令第１４６号）第七条：审计机关根据年度审计项目计划，对国家建设项目总预算或概算执行情况、年度预算执行情况、年度决算、竣工决算进行审计。国家建设项目未经竣工决算审计的，不得办理竣工验收手续。
４、以杭州市为例，《杭州市国家建设项目审计办法》（市政府令［２００３］第１９３号）第十四条：纳入年度审计项目计划的国家建设项目，建设单位应当在项目初步验收结束后３个月内向审计机关报送工程决算的有关资料。未经竣工决算审计，不得办理工程价款最终结算和竣工验收手续。