一、食品检测和认证存在问题
我国绿色认证是属于政府部门归管的，是规范和监督绿色食品产业的检测认证机构，对促进绿色食品产业发展起到一定作用。但近年来，绿色食品检测和认证过的企业频繁出现问题，导致消费者对绿色食品的权威性和可靠性产生了怀疑，严重阻碍了绿色食品产业的发展。
二、高科技需求与低科技投入
生产绿色食品要求禁用或限用农药和化肥等化学合成物质，因而要求有先进适用的技术如土壤生态培肥与地力维持技术、病虫草害综合防治技术、环境污染控制与综合治理技术、废弃物的资源化利用技术以及绿色食品的加工、包装、运输与贮藏保鲜技术等与之配套，同时还要有高效无毒副作用的生产资料如化肥、农药、饲料添加剂等以及食品加工过程中的保鲜剂等。然而，目前我国这方面的绿色技术还非常缺乏，绿色生产资料也为数不多，而且价格较高。
作为从事绿色技术和绿色生产资料的研制和推广的科研部门许多正在或已经进行体制改革，开始走面向市场求生存的道路，因而出现了一些过于追求效益而急功近利的现象，有时不成熟的技术和产品也推向市场，农民用后没效果只能退而使用传统技术以及高效但也高残留的生产资料，从而影响绿色食品和生产环境。
三、成本和收益
目前我国生产绿色食品的成本较普通食品高，原因主要体现在以下几方面：(1)绿色食品的生产技术标准高，对土壤、温度、水气以及品种等的要求严格，产品要求单独包装、统一配送，因此，要投入更多劳动时间和现代化技术;(2)在生产过程中，要符合绿色食品生产要求而不用或少用化肥农药，一定程度上影响产品产量;(3)申报绿色食品必须由有资质的省级检测机构对产地的水、土、气以及产品的品质、加工工艺、包装、运输等过程进行全程质量检测，合格后才能获得认证。因此，一个绿色食品标志从申报到认证要花费不菲的费用。以上因素决定了绿色食品的生产成本相对比普通产品要高。
在国外，有机食品或生态食品的价格一般比普通产品价格高50%～200%，生产者的利益能得到保证，因而也有极大的生产积极性。但在我国，由于多方面的原因，许多绿色食品不可能获得如此高的价格，致使绿色食品的经济效益与普通产品没有明显的差异。这样，绿色食品生产在收益上没有明显优势，成本却要远高于普通产品，从而使绿色食品生产者的利益没有得到保证，必然影响到生产者的积极性，最终将影响我国绿色食品的发展。
四、消费者和生产商对于绿色食品认知
生产者方面：近20年来，由于化肥、农药等对农作物产量的提高有显著作用，我国以产量目标为主的农业生产对其的依赖程度越来越高，当前阶段，虽然大家都充分意识到可持续发展和绿色生产的重要性，但作为生产主体的农民对发展绿色食品缺乏应有的认识，当发展绿色食品生产与施用化肥、农药发生冲突时，农民选择了提高产量而施用化肥、农药，却放弃绿色食品。这种现象不仅在大田生产中表现相当突出，在一些大棚生产中、甚至在一些绿色食品挂牌生产基地也有不同程度的表现。近几年来，随着科技水平的提高，还出现了一些新的影响食品安全的因素，如滥用生长调节剂和生长激素的现象越来越普遍，已经成为影响食物安全的新隐患。
消费者方面：当前，不少消费者对绿色食品还不认识、不了解，以致认为地里长的绿色庄稼和蔬菜都是绿色食品。还有的认为凡是天然或野生的就是绿色的，如野菜等。其实，绿色食品是指无污染的安全、优质、营养类的食品，无污染既指生产过程中的无污染，也包括产地环境的无污染，如果产地环境很恶劣，即时生长在野外从不施用化肥和农药的野菜也不是绿色食品，甚至还有可能因毒物聚集而无法食用。
五、创品牌与保品牌
“创业容易守业难”。在发展绿色食品过程中，同样也会遇到这样的问题。目前，各个地方都热衷于申报绿色食品标志，管理部门也主要集中精力于前期的考察与标志审批，相对来说对后期的跟踪管理有所松懈，从而出现原料生产符合标准、加工过程出现污染，或加工产品符合标准、市场流通出现污染等现象，最后到居民餐桌上的真正绿色食品却很少。对已经获得绿色食品标志的生产基地，没有及时进行跟踪监测、检查与后续管理，产品质量有所下降，有的产品甚至达不到绿色食品要求;更有短视的企业为获取眼前的利润而在绿色食品认证过期后(一般有效期3年)不重新申报认证却继续使用过期标志。因而造成了绿色产品市场的混乱局面，消费者真假难辨，进而损害了真正绿色食品生产者的利益，也将从根本上制约绿色食品的健康发展。
另外，由于有些地区对绿色食品标志的管理与监督不严，市场上有不少假冒伪劣的绿色食品出现。如在湖南长沙市场上发现大批假冒享有绿色食品标志的湖南东山峰云雾茶。这种现象的出现除了假冒绿色食品可以赚取较高利润而使假冒者铤而走险外，还有以下几个方面的原因：(1)绿色食品标识缺乏应有宣传和推广，没能在市民心中留下深刻印象，许多市民对标识的真假难以判别，使不法商家有机可乘;(2)市场监控力度远远不能适应发展需要，农产品质量监测体系还很不完善;(3)绿色食品管理机制不健全，缺乏对绿色食品品牌的良好维护。
六、重目标和轻规划
“说来容易做来难”。目标的制定不难，说要建立多少个绿色食品生产基地或发展多少个绿色食品很简单，但要实现这些目标就需要良好的规划。规划不等于计划，规划是一项系统工程，首先要考虑宏观的社会发展背景和项目区微观的社会经济条件;其次要分析预测产品的市场前景和当地的资源条件，不能盲目的计划把什么都发展成绿色食品，也不能只发展单一产业而破坏生态平衡;在系统分析的基础上，才能提出发展绿色食品的目标和规划发展的内容，对规划发展的产业或产品要做SWOT分析，即产业或产品发展的优势(Superiority)、劣势(Weakness)、机会点(Opportunity)及面临或潜在的威胁(Threaten);同时还要提出实现目标的配套措施和实施步骤等。
发展绿色食品也是一项系统工程，在有良好资源的基础上，还需要许多行业和部门的密切配合和分工合作，因此需要有良好的规划。但目前我国许多地方在发展绿色食品时，不管当地是否有资源，不管产品是否有市场，也不管是否符合当地的产业发展政策，就挂起了大力发展绿色食品的牌子，设立许多“高大全”的目标，盲目地多方筹集资金和劳力等投入建设和生产，却往往因缺乏良好的规划设计而不了了之，浪费了大量的财力、物力和人力，不但没有发挥绿色食品的产业带动作用，反而造成人们对发展绿色食品的偏见和误解。
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