在侵犯商业秘密罪中，间接损失的确定较为复杂，通常可从以下几方面着手：

基于市场份额和竞争优势的损失

市场份额的减少：通过市场调研机构的数据、行业报告等，对比侵权行为发生前后权利人的市场占有率变化。若侵权人推出类似产品或服务抢占市场，导致权利人市场份额下降，下降部分对应的预期利润可视为间接损失。比如某企业的新产品技术被泄露，侵权人提前上市类似产品，使该企业原本预计获得的市场份额大幅减少，减少份额所对应的利润即为间接损失.

竞争优势的丧失：考虑商业秘密对权利人竞争优势的影响，如独特的生产工艺、客户资源等。若因侵权行为使商业秘密公开，权利人失去竞争优势，未来业务拓展受限、潜在合作机会减少等带来的损失属于间接损失。例如，某企业因商业秘密被侵犯，导致其在行业中的技术领先地位丧失，原本可凭借该优势获得的高额利润和市场份额无法实现，这部分损失应计入间接损失.

预期利润的损失

现有业务的预期利润：分析权利人在侵权行为未发生时，基于其商业秘密可实现的未来一段时间内的利润增长预期。结合企业过往的经营数据、行业平均增长率等，估算因侵权导致的利润减少额。如某企业拥有一项能提高生产效率的商业秘密，按计划可在未来三年内使利润逐年增长，但因商业秘密被侵权，增长预期无法实现，这三年的预期利润增长额可作为间接损失.

新业务拓展的预期利润：若权利人有基于商业秘密开展新业务的计划，因侵权行为导致计划搁置或无法实施，新业务预期带来的利润应计入间接损失。比如某科技公司计划利用新研发的商业秘密技术开拓新市场，但商业秘密被泄露后，该计划被迫取消，新市场预期的利润收益可作为间接损失评估。

研发成本和投资的浪费

研发投入的分摊损失：计算商业秘密的研发成本，若侵权行为使商业秘密价值受损或失去保密性，未收回的研发成本可作为间接损失。例如，某企业投入大量资金研发新技术，计划通过产品销售逐步收回研发成本并盈利，但商业秘密被侵权后，该技术的价值大打折扣，未通过市场实现回收的研发成本应视为间接损失.

配套投资的浪费：除研发成本外，权利人围绕商业秘密所做的配套投资，如生产设备购置、市场推广费用等，因侵权行为无法达到预期收益，相应的投资浪费可认定为间接损失。比如企业为推广基于商业秘密的新产品，投入了大量的广告宣传费用，但因商业秘密被泄露，产品失去竞争力，宣传费用无法带来相应的市场回报，这部分费用可作为间接损失。

商业信誉和品牌价值的损害

客户信任度的降低：通过客户反馈、市场调查等方式，评估侵权行为对权利人商业信誉的影响。若客户因侵权事件对权利人的产品或服务产生质疑，导致客户流失或客户忠诚度下降，由此造成的未来业务损失可作为间接损失。例如，某知名品牌的商业秘密被泄露，引发消费者对其产品质量的担忧，导致部分客户转向其他品牌，该品牌未来因此流失的客户业务量所对应的利润可视为间接损失。

品牌形象的受损：商业秘密侵权可能损害权利人的品牌形象，影响其品牌在市场中的价值和声誉。评估品牌价值的下降程度，可参考专业的品牌评估机构报告、市场认知度调查等，品牌价值降低所导致的未来收益减少应计入间接损失。如某企业因商业秘密侵权事件被媒体曝光，品牌形象受到负面影响，品牌授权、合作等方面的收益预期降低，这部分预期收益的减少可作为间接损失。

机会成本的损失

合作机会的丧失：调查侵权行为发生期间，权利人因商业秘密被侵犯而失去的与其他企业合作、投资、战略联盟等机会。评估这些合作机会可能带来的收益，作为间接损失的一部分。比如某企业因商业秘密泄露，被原本有意向合作的大型企业取消合作计划，该合作项目预期的利润分成可作为间接损失.

市场进入机会的错过：若商业秘密被侵权，导致权利人错过进入新市场或推出新产品的最佳时机，错过机会所对应的潜在市场份额和利润应计入间接损失。例如，某企业准备凭借独特的商业秘密技术进入新兴市场，但在筹备期间商业秘密被侵权，致使其错过市场开拓的黄金时期，该新兴市场预期的利润空间可作为间接损失考量。