刑事证据运用的内容包括证明对象的确定和证据的收集、证据的审查分析、举证、质证、认证、是否达到证明标准的判断和案件事实的认定等。在某些特定情况下，案件事实无法直接运用证据来证明，需要借助于刑事推定来认定犯罪。但是推定也是有前提的，它并不意味着不需要证据，它是建立在一定的证据证明的基础上，或者案件中只有间接证据没有直接证据等情况下。因此，推定与证据也是密不可分的，以证据直接证明和刑事推定是认定案件事实上的两种方法，而刑事推定仅是证据直接证明的必要补充。

刑事证据运用实际上是一个前后相互衔接的流程。其中，证据的收集是证据运用的前提和基础，没有证据的收集，证据的运用就如无源之水、无本之木，无从谈起。举证、质证是证据运用的具体体现，认证是对证据运用的单个或单组的确认和评判，是否达到证明标准的分析是对全案证据运用的综合评判，认定案件事实是运用证据的最终目的所在。

（一）证明对象的确定和证据的收集

收集证据应有目的地进行，这个目的就是证明对象。收集证据应围绕着证明对象来进行，在收集证据时应考虑所要收集的证据是要用来证明什么，在收集证据前必须确定证明对象，收集证据围绕证明对象进行，这样才能保证收集证据的质和量达到应有的要求。

（二）证据的审查判断和分析

审查判断证据的内容很丰富，包括证据的合法性、相关性、客观性和真实性。审查判断证据的方法包括：依照法律规定审查证据的可采性，根据证据之间是否相互印证，依照经验法则、矛盾法则、发展法则和逻辑法则等来审查证据的真实性和关联性。

（三）举证

在刑事诉讼中，实行“谁主张，谁举证”的举证原则。在一般情况下由检察机关或自诉人来举证，承担举证责任。检察机关或自诉人的举证必须达到相应的程度，使自己的指控犯罪的主张能得到法院的支持。在一般情况下，被告方不负举证责任，但他有权提出相应的证据来否认指控犯罪的主张，举证对他来说是一种权利。但在特殊情况下，被告人也承担一定的举证责任，被告人有责任提供证据来证明自己无罪的主张。

（四）质证

质证的目的是为了保障证据的客观真实、合法和相关，它就像来自不同方向和角度的“光线”，“照亮”案件事实。质证原则是证据运用的基本原则之一。

（五）认证

控辩双方提出的证据经过对方质证后，是否合法、有效、与本案相关、客观真实等，都有待法官予以认定，这称为法官认证。由于证据是证明案件真实情况的事实，所以认证是认定案件事实的重要组成部分。但是，认证并完全不等同于认定案件事实。证据有主要证据和次要证据之分，一些次要证据的认定并不等于该案的基本事实得到了确认，只有案件的主要证据，特别是基本事实方面的证据得到了认定，案件事实才可能得到确认。

（六）刑事推定

在证据运用过程中，有时存在证明案件事实的证据不足的情况。推定必须以其他的证据事实作为前提和依据。

（七）证明标准的判断和案件事实的认定

案件中的证据依照其证明对象的不同分别证明着犯罪的主体、主观方面、犯罪的客观方面、犯罪对象等，全案的证据综合起来就证明着整个案件事实。对整个案件事实的证明是否达到了应有的证明要求，这就牵涉到证明标准的判断。证明标准的判断不仅牵涉到对单个证据的审查认定，还牵涉到证据与证据之间、证据与案件事实之间关系的分析及全案证据的综合判断。实际上，在绝大多数情况下，单个证据只能确认其合法性，而难以确认其相关性（是否与客观的案件事实相关）和客观性。证据的真实性和相关紧密程度往往要通过证据之间的相互印证来判断的。只有确认了证据的客观性和相关紧密程度，才能对案件事实作出是否认定的判断。