在原告以借据、收据、欠条等债权凭证为依据提起民间借贷诉讼，被告否认发生借贷事实的情况下，人民法院除依据当事人提供的债权凭证外，还应综合审查以下事实和因素，对原告主张的借贷事实是否实际发生作出综合判断。

1．借贷金额。在借贷关系中，借贷金额无疑是重要案件事实，同时也会直接影响当事人之间包括钱款交付方式等各方面的交易安排。通常情况下，人们在对待不同的借贷金额时，采取的谨慎注意程度往往存在差别，在借贷金额不大的情况下，资金交付方式选择多样性、随意性较强，在审理此类案件时，如果出借人主张借款通过现金方式支付，通常通过审查借据等债权凭证的真实性、关联性、合法性，即可完成事实查证，在没有相反证据的情况下，可以确认借贷事实。而在借贷金额巨大时，无论是出借人还是借款人，一般都会对资金交付持较为谨慎的态度。对于大额借贷，人民法院通常应当对借款合同、借据、银行资金往来交付证据、企业会计资料等综合审查认定。对出借人主张通过现金方式支付的大额借贷，在出借人无法提供借据等债权凭证之外的其他证据证明借款已经实际支付的情况下，则应当进一步审查出借人的经济状况、借款人与出借人的关系、交易习惯等相关事实，从而判断当事人的主张是否成立。此外，借贷金额与当事人之间的亲疏关系、当事人的经济能力以及借款来源和用途等相关事实均有不同程度的牵连，查清借贷金额本身不仅是正确审理民间借贷案件借款本金的需要，也是进一步结合其他事实认定借贷关系是否真实发生的必要一环。

需要注意的是，从某种程度上讲，对于当事人之间因“大额”民间借贷引发的纠纷，人民法院必须对有关款项的支付方式、出借人的出借能力、还款人的还款能力、借贷双方的关系以及借款的用途等事实作出查明认定，查明的程度与标准和一般生活性、临时性借贷引发的纠纷存在区别。但是，受地区、行业经济发展实际状况的影响，对于何为“大额”借贷，难以在全国范围内作出统一规定。在经济发达、民间金融市场交易活跃的地区，特别是对于这些地区长期专门从事借贷业务的当事人来说，所谓的“大额”借贷金额显然要明显高于经济欠发达地区交易主体间的“大额”借贷的金额，甚至也会明显高于同属经济发达地区内普通民众间偶发的大额借贷的金额。因此，司法实践中，人民法院经常遭遇的问题是，对于审理的具体案件涉及的借贷是否属于法律、司法解释以及司法政策所规定的“大额”借款难以作出准确判断。我们认为，目前来讲，原则上只能由受诉法院根据本地区以及涉案当事人的实际情况，在具体案件中对涉诉借贷是否属于“大额”借贷作出判断。为了更好地在同一地区范围内统一裁判尺度，也可以考虑由高级人民法院或中级人民法院通过适当方式提出参照标准，但这一标准亦不应过于机械适用，而应在具体案件中结合其他证据和案件情况予以综合认定。

2．款项交付。如前所述，在民间借贷关系特别是自然人之间的借贷关系中，款项是否实际交付关系到借款合同关系有效成立与否，因而是审理此类案件时必须查明的事实。款项交付事实的查清，一般应当包括交付方式、交付时间、交付地点、交付人和接受交付人的情况等多方面内容。其中，交付方式主要指款项系通过银行转账、票据支付还是现金支付等方式予以实际交付。借款款项的交付方式，往往与上述借款金额有较强的联系。通常小额借贷的支付方式，当事人更愿意选择现金交易，而大额借贷由于涉及巨额现金交付，虽然我国金融现金管制较之发达国家还有较大差距，现金使用频度高、广度大，但巨额的现金交易还是较为少见。在司法实践中，出借人对于难以证明实际交付的借款，往往主张系以现金方式交易从而逃避举证证明款项已经实际交付的事实，对此应当谨慎对待。对于通过银行等第三方系统交付的款项，由于通常可以较为容易地取得第三方出具的款项支付凭证，因而在交付时间、交付地点等因素的查明上并不困难。而对于出借人主张以现金交付的借款，则应当对交付时间、交付地点、交付人和接受交付人等交付细节进一步予以审查确认，从而力求查明款项交付的事实。

3．当事人的经济能力。审查当事人的经济能力，主要是对出借人的经济状况和钱款来源进行审查，同时也可以结合案件具体情况，对借款人的经济状况和借款用途予以审查，从而更好地查清案件事实，形成借贷事实是否真实发生的内心确信。从商事交易的角度看，出借人出借钱款的来源以及借款人借款的用途等，并不影响借款合同是否成立、是否有效，亦不能成为借款人不按约归还欠款的合法抗辩，因而有观点认为，人民法院在审理民间借贷纠纷案件时，没有必要也没有理由对包括钱款来源、用途等在内的当事人的经济状况进行审查。我们认为，通常情况下这种观点并无不妥，但在当事人对借贷关系是否真实发生存在异议，或者虽然案件当事人双方对借款事实无异议，但人民法院经审理后认为，根据《民间借贷司法解释》第18条规定，可能涉及虚假诉讼的时候，为了进一步查明借贷关系的真实性，则有必要对当事人的经济能力和财产变动情况等予以审查，从而对交易是否实际发生作出综合判断。

4．交易方式和交易习惯。法律对交易习惯的承认主要体现在原《合同法》第125条第1款关于合同解释的规定上。该款规定，当事人对合同条款的理解有争议的，应当按照合同所使用的词句、合同的有关条款、合同的目的、交易习惯以及诚信原则，确定该条款的真实意思（现《民法典》第466条第1款“当事人对合同条款的理解有争议的，应当依据本法第一百四十二条第一款的规定，确定争议条款的含义。”1）。之所以在合同解释上考虑交易习惯，是因为作为交易主体的行为，通常受到习惯的支配，有时当事人之所以没有在合同中作出明确约定，是因为双方对于已形成的交易习惯均认为自然属于合同内容，无须明示。这种在合同约定不完全时以交易习惯予以补充，合同约定有歧义时以交易习惯予以明确的做法，在比较法上也为很多国家的法律和国际公约所采纳。《民间借贷司法解释》第15条借鉴这一法律规定，并考虑民间借贷交易的特点，规定了交易习惯作为人民法院综合认定借贷事实时应当考察的因素，在当事人之间存在长期合作关系或者本地区、本行业内存在一定交易习惯的情况下，这些既有的交易方式、交易习惯，可以用来佐证诉争交易的真实性。

实践中，相当数量的民间借贷发生在熟人之间，由于存在密切关系，出于信任或碍于情面，借款合同系口头订立，当事人在交易之初也没有留存书面证据，或者因为法律认知的局限性，借款合同、借据等书面证据很不规范，比如有的借据没有借款人姓名或者借款人姓名写为别名，有的约定利息不明或违法，有的则没有借款时间、借款用途或者大小写金额不一致等。在实际借款和还款过程中，借款人主张已经还清借款，但未收回借据且出借人未出具收据的情况也时有发生。这些书面证据不足或者仅凭书面证据认定案件事实背离事实真相的情况下，结合案件具体事实引入交易习惯，有助于法官从具体事实中辨析出案件事实。需要注意的是，当事人对于自己所主张的交易习惯，需要提供充分证据予以证明。一方面，需要证明确实存在该交易习惯，另一方面该交易习惯应当为双方当事人共同认可和遵循。由于交易习惯的多样性，在认定和适用时，应当特别注意公开性、公认性、合法性原则，除能够证明在双方当事人之间达成的特别交易习惯外，对于更大范围内的交易习惯，原则上应当以一定地域或行业内反复运用、稳定存在，具有区域或行业内交易主体共同认知和认可的习惯，为交易习惯，而且交易习惯的适用应当以不具备反证为前提。

5．证人证言。民间借贷交易的特点，决定了很多借贷的发生有中间人介绍、保荐或担保、见证。因此，在审查民间借贷案件事实时，证人证言往往也是证明案件事实情况的重要证据，应当予以重视和认真审查。需要明确的是，人民法院在审查证人证言时，应当严格按照《民事诉讼法》和《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》等法律、司法解释的规定进行。特别是对于客观证据较为薄弱的案件，更要注意甄别证人证言的真实性、合法性，避免证人与当事人之间因利益牵扯等原因提供虚假证言，从而造成事实认定错误。在认定证人证言时，还可以灵活运用对质等方法，以便更好地查清案件事实。除了证人证言，在民间借贷案件审理中，人民法院对借贷双方当事人本人或者经办人的陈述也应当予以重视。作为交易亲历者，当事人本人或者经办人应当可以完整、清晰地记述借贷交易的原因、款项交付时间、地点、款项来源、借款用途等细节，要求其到庭接受法庭询问和当事人的交叉询问，通常对于查清案件事实具有帮助。

值得注意的是，在民间借贷纠纷案件的审理过程中，人民法院还经常会遇到缺乏必要书证的案件，要么是借款凭证存在书写瑕疵、要么是证据在表述上存在歧义，有的甚至是完全没有书面证据。关于在这类案件中，人民法院应当如何进行事实审查的问题：首先，应当主要依靠法官具有的社会知识和审判经验对证据进行甄别，以求去伪存真。应当发挥证据之间相互印证的作用，通过要求当事人、证人反复陈述案件细节的方式提供当事人陈述和证人证言，发现当事人陈述或者证人证言存在的矛盾或问题，帮助查明案件事实。其次，在整体审查思路上，可以区分生活性借贷与经营性借贷，采取不同的认定思路和标准。对于前者，因一般具有借贷金额较小、发生在熟人之间、双方均不以牟利为目的等特点，可以适当放宽证据审查的具体标准，适当加强当事人陈述和证人证言采信程度。而对于商事主体间为经营需要而进行的资金拆借，则应考虑该类借贷一般金额较大、设有担保，以及商事主体法律知识相对丰富，风险意识和防控能力更强等特点，对相关证据作出严格审查，不能仅凭口头证据认定案件事实。

总之，人民法院在审理民间借贷纠纷案件的过程中，既要防止当事人以民间借贷的合法形式掩盖债权凭证背后的非法交易，结合当地经济发展水平、个案中当事人的经济状况、支付能力、交易习惯等具体情况，对借款合同、债权凭证的真实性予以审查，并对各证据与案件事实的关联程度、借贷内容相关事实进行实质审查；又要坚持民事活动自愿、公平、等价有偿、诚信的原则，尊重当事人对自己民事权利的处分，避免对借贷事实审查的面面俱到，防止以司法手段过度介入和干涉当事人的交易自由。