指导意见首先明确了“另案处理”的含义。

“另案处理”是指在办理刑事案件过程中，对于涉嫌共同犯罪案件或者与该案件有牵连关系的部分犯罪嫌疑人，由于法律有特殊规定或者案件存在特殊情况等原因，不能或者不宜与其他同案犯罪嫌疑人同案处理，而从案件中分离出来单独或者与其他案件并案处理的情形。

指导意见明确界定了五种适用“另案处理”的情形：

一、依法需要移送管辖处理的;

二、系未成年人需要分案办理的;

三、在同案犯罪嫌疑人被提请批准逮捕或者移送审查起诉时在逃，无法到案的;

四、涉嫌其他犯罪，需要进一步侦查，不宜与同案犯罪嫌疑人一并提请批准逮捕或者移送审查起诉，或者其他犯罪更为严重，另案处理更为适宜的;

五、涉嫌犯罪的现有证据暂不符合提请批准逮捕或者移送审查起诉标准，需要继续侦查，而同案犯罪嫌疑人符合提请批准逮捕或者移送审查起诉标准的。

加强和规范检察机关的法律监督是保障“另案处理”依法适用的重要措施。

指导意见规定，检察院在审查逮捕、审查起诉时，应当对适用“另案处理”是否合法、适当进行审查。发现公安机关在办案过程中适用“另案处理”存在违法或者不当的，应当向公安机关提出书面纠正意见或者检察建议。对于犯罪嫌疑人长期在逃或者久侦不结的“另案处理”案件，可适时向公安机关发函催办。