《民法典》第五百零七条规定：“合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。”《仲裁法》第十九条第一款规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”上述法律规定均充分表明，仲裁条款在民事合同中具有独立性。

工程结算后，建设工程施工合同双方对应付工程款数额达成一致，即工程欠款数额已通过书面形式固定。《民法典》第五百一十条规定：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。”《还款协议》是为履行施工主合同签订的，体现了工程结算的结果，其性质为补充协议，是对施工主合同的补充、细化，是整个合同不可分割的一部分。鉴于合同发生纠纷适用约定的仲裁条款，施工主合同约定的仲裁条款也应适用于相应补充协议项下争议。