关于企业能否对员工进行罚款，有两种观点。
一种观点认为：罚款是用人单位行使用工自主权的体现，属于用人单位的正当管理手段，并且在规章制度有明确规定的情况下，单位对员工罚款有制度依据，因此单位有权罚款;
另一种观点认为，根据《行政处罚法》相关规定，处罚是由具备相应职权的行政机关作出的行政行为，用人单位不是行政机关，因此单位无权对员工进行罚款。
但第二种观点更为合理，即单位无权对劳动者进行罚款，理由如下：
1、法律没有赋予用人单位罚款的权利
虽然关于罚款的规定可以追溯到1982年国务院发布的《企业职工奖惩条例》，该条例第十一条规定：“对于有下列行为之一的职工，经批评教育不改的，应当分别情况给予行政处分或者经济处罚……”该条例第十六条规定：“对职工罚款的金额由企业决定，一般不要超过本人月标准工资的百分之二十。”但是，该条例已经于2008年被废止。此后，用人单位直接对职工进行经济处罚就失去了法律依据。因此，从法律上分析，用人单位经济处罚没有法律依据。
2、部分地方性法规已经明确规定单位无权对员工进行罚款
根据2013年5月1日实施的《广东省劳动保障监察条例》第五十一条规定：“用人单位的规章制度规定了罚款内容，或者其扣减工资的规定没有法律、法规依据的，由人力资源社会保障行政部门责令改正，给予警告。用人单位对劳动者实施罚款或者没有法律、法规依据扣减劳动者工资的，由人力资源社会保障行政部门责令限期改正;逾期未改正的，按照被罚款或者扣减工资的人数每人2000元以上5000元以下的标准处以罚款。”由此可见，虽然在国家层面并没有法律明确规定单位无权对劳动者实施经济罚款，但在地方性法规层面，如广东省已经出台了相关规定，对上述问题进行明确规定。可以说，在广东省，用人单位无权对劳动者实施经济罚款是十分明确的。
3、罚款属于行政处罚行为，应由行政机关行使
从性质上分析，罚款是一种剥夺公民财产权的行为，在性质上属于行政处罚行为。根据《行政处罚法》等相关行政法律法规的规定，只有具备相应职权的行政机关才享有行政处罚的权利，而用人单位显然不属于行政机关，因此也便无法行使行政机关才享有的行政处罚权。(曾昭绮)
具体到本案中，公司其实可以采取另外一个更合理的方法来达到惩罚劳动者的目的。比如在公司的《员工手册》中规定，如员工当月有迟到的行为，当月的绩效奖金按照80%发放或者扣除当月的全勤奖。这样的规定显然比迟到扣钱更具有合理性，也更有可能被司法机关所认可。