股东会决议的瑕疵可分为形式上的瑕疵与内容上的瑕疵。形式上的瑕疵是指股东会决议在程序上违反法律、行政法规或公司章程。一般包括股东会会议召集程序瑕疵与表决程序的瑕疵。召集程序包括召集权人、通知的方式、时间、内容及对象。召集程序瑕疵带来的后果是，难以保证股东有足够的时间进行准备，进而影响权利的有效行使。表决程序的瑕疵主要表现为允许没有表决权或者表决权受到限制的股东行使表决权。内容上的瑕疵是指股东会决议内容不符合法律、行政法规或公司章程的规定。

对于瑕疵股东会决议，股东或利害关系人可以通过诉讼请求撤销或请求确认无效。《中华人民共和国公司法》第二十二条规定：公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起60日内，请求人民法院撤销。可见，对程序上的瑕疵与内容上的瑕疵的处理有不同的要求。对于股东会决议程序上的瑕疵，只有股东有权请求撤销，并应受60日期限限制;对于内容上的瑕疵，不仅是公司股东，有关利害关系人也有权请求确认无效，且不受60日期限限制。

应区分瑕疵的不同情况而处理。股东会决议不仅在公司内部有较大影响，也对公司客户等第三人产生影响，股东会决议被宣告无效或被撤销，往往影响到公司内外多方面的法律关系。只有在确认无法补救的情形下，才有必要宣告股东会决议无效或对其予以撤销。