根据全国股转系统《常见问题解答》的相关规定，若新三板企业拟通过定向发行向公司员工进行股权激励，可采用以下两种方式。

01采用员工直接持股的方式

员工直接持股，即将激励对象限定为公司的董事、监事、高级管理人员和企业的核心员工等符合实行股权激励的自然人投资者。通过向他们直接授予一定的股票而达到留住核心人才，促进公司发展的目的。

员工直接持股的缺陷在于：一是，工商登记繁琐复杂，当股东超过200人或发行后股东超过200人的公司定向发行新股，增发前后公司股东超过200人的，新股发行还需履行证监会备案程序向证监会申请核准；二是，激励的范围有一定的限制，要求符合投资者适当性管理规定的自然人投资者、法人投资者及其他投资者合计不得超过35名。

02采用设立持股平台间接持股的方式

间接持股方式可以由公司行使统一的管理决策权，可预留股份，还可以自由选择公司制平台或者有限合伙制平台持股。持股平台主要有公司制和有限合伙制两种组织形式。公司制持股平台的税负高，综合税率达40%，安排平台的控股股东持股比例、锁定期较为复杂，而有限合伙持股平台在税收上具有优势，且更具有灵活性。但存在的缺陷是具有2人以上，50人以下的股东人数上限约束。因此若公司后期发展壮大，受激励人数要增加，会受到此种限制。另外，在间接持股条件下，持股平台需满足挂牌企业合格投资者要求(即法人机构注册资本要达到500万人民币，合伙企业实缴出资额要达到500万元以上。