《中华人民共和国增值税暂行条例》第9条规定的内容看似与1998年国家税务总局《关于增值税一般纳税人发生偷税行为如何确定偷税数额和补税罚款的通知》第1条第2款规定的内容相矛盾，其实不然。《暂行条例》第9条规定的是违反增值税专用发票的使用规定不予抵扣的问题，行政机关之所以作出如此规定，其本意在于促使行为人在购进货物时，索要并保管好扣税凭证、严格按照相关规定在增值税扣税凭证上注明有关事项，及时申报抵扣，规范增值税专用发票的使用。如果行为人没有按照规定进行操作，作为对增值税专用发票的不规范使用的处罚，税务机关在对行为人征收税款时，禁止行为人将已缴纳的进项税额从销项税额中抵扣，也就是对本该抵扣的进项税额不得从销项税额中抵扣，从而会使行为人多缴纳税款，因此，违规作如此规定时对纳税人怠于保管好扣税凭证、没有规范使用增值税专用发票行为的惩罚，带有行政处罚的性质。而《税务总局通知》则针对的是行为人采取账外经营手段偷税数额如何计算的问题，即如果纳税人采取账外经营，购销活动均不入账，那么就属于典型的偷税行为，根据该规定，其偷税数额应为账外经营部分的销项税额抵扣账外经营部分中已销货物进项税额后的余额。可见，其立法本意是在认定行为人构成偷税的前提下，如何计算具体的偷税数额的问题。因此，《暂行条例》第9条规定的内容与《税额总局通知》第1条第2款之规定并不矛盾，针对的是不同性质的情况，《暂行条例》针对的是不按规定使用增值税专用发票的行政非法处罚问题，前提是行为人并未偷税;而《税务总局通知》第1条第2款则针对的是账外经营构成偷逃增值税的前提下如何认定偷税数额的问题。

根据最高法院《关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第3条第1款之规定，偷税数额，是指在确定的纳税期间，不缴或者少缴各税种税款的总额，偷税罪的偷税数额应以纳税人不缴或者少缴的税款数额来认定。具体到偷逃增值税而言，在认定的偷税数额时，从增值税的缴纳特点出发，应当根据纳税人的实际缴税情况客观计算因偷税造成国家的税款损失。如果行为人在购买货物时缴纳了进项增值税，在计算去偷逃销项增值税数额时，应当减去其已销售货物的进项税额，其余数额为偷税犯罪的数额，这也是《税务总局通知》第1条第2款规定的基本精神。